Fasciolosis atau distomatosis merupakan penyakit yang disebabkan genus Fasciola yang menyerang hewan liar, ternak, dan manusia. Penyakit ini mempunyai dampak besar terhadap penurunan produktivitas ternak. Fasciola hepatica dan Fasciola gigantica termasuk dua spesies yang paling sering ditemukan pada penyakit ini. World Health Organization (WHO) memasukkan fasciolosis dalam kategori Human Neglected Tropical Diseases (NTDs). Sebanyak 17 juta orang di dunia terjangkit penyakit ini dengan gejala yang parah. Pada sapi yang terkena penyakit ini memiliki berat karkas lebih sedikit dibandingkan dengan sapi sehat hal ini merugikan industri peternakan.

Karakterisasi molekuler Fasciola sp. penting dalam mengidentifikasi spesies secara akurat etiologi dan epidemiologi fasciolosis di setiap daerah endemik. Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) salah satu metode molekuler yang dikembangkan untuk membedakan spesies Fasciola sp. dengan memperkuat dan mereproduksi urutan nukleotida tertentu. Metode ini memiliki tingkat sensitivitas yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan pemeriksaan morfologi.

Penelitian ini menggunakan sampel cacing dewasa dari Fasciola sp. yang diambil dari satu ekor sapi potong dan satu ekor sapi perah yang dipotong di Unit Pelaksana Teknis Dinas Rumah Potong Hewan (UPTD RPH) kota Kediri. Setiap sampelnya dikumpulkan dalam pot plastik 100 cc yang mengandung NaCl fisiologis lalu diberikan label daerah asal sapi, jenis sapi, dan jenis kelamin serta disimpan dalam kotak es pada suhu 4 °C.

Sampel yang didapatkan diidentifikasi ukurannya menggunakan jangka sorong lalu dicatat. Kemudian dilakukan ekstraksi DNA lalu dilanjutkan dengan PCR dengan primer dari gen DNA mitokondrial. Analisis hasil PCR dilakukan menggunakan alat elektroforesis yang kemudian hasilnya divisualisasi menggunakan transluv illuminator dan didokumentasikan.

Produk PCR dimurnikan kemudian dilakukan sekuensing menggunakan DNA Analyzer. Susunan nukleotida dibaca menggunakan software BioEdit Sequence Alignment Editor dan dianalisis tingkat kesamaan (homologi) menggunakan webiste NCBI-BLAST (National Center of Biotechnology Information – Basic Local Alignment Search Tool) pada GenBank.

Dalam penelitian ini pada sapi potong di UPTD RPH Kediri didapatkan cacing dewasa Fasciola sp. dengan ukuran panjang 19,9-27,3 mm dan lebar 5,2-7,9 mm. Sedangkan pada sapi perah didapatkan cacing dewasa Fasciola sp. dengan ukuran panjang 21,4-32,5 mm dan lebar 5,2-7,8 mm. 

Hasil PCR dalam penelitian ini dibaca pada elektroforesis gel agarose 2% menunjukkan produk PCR dengan spesifikasi yang tinggi yaitu membentuk band tunggal pada posisi 752 bp sesuai target amplifikasi. Hasil sekuensing DNA sampel Fasciola sp. dari PCR product dengan primer F. Gigantica terhadap data pada GenBank menunjukkan kemiripan sampel terhadap F. Intermedia isolat China dengan Accession Number KF543343.1. 

Mutasi subtitusi yang terjadi pada sampel Fasciola sp. dari sapi potong berada pada posisi basa ke-57  (A-G), 75 (A-G), 216 (G-A), 279 (A-G), 286 (C-T), 348 (C-T), 350 (T-A), 351 (A-T), 353 (T-C), 358 (C-G), 359 (T-G), 362 (G-A), 370 (A-T), 420 (T-C), 465 (A-G), 573 (A-G), 618 (C-G), 634 (T-A), dan 639 (A-G). Mutasi subtitusi yang terjadi pada sampel Fasciola sp. dari sapi perah berada pada posisi basa ke-57 (A-G), 75 (A-G), 216 (G-A), 279 (A-G), 286 (C-T), 348 (C-T), 350 (T-A), 351 (A-T), 353 (T-C), 358 (C-G), 359 (T-G), 362 (G-A), 370 (A-T), 420 (T-C), 465 (A-G), 573 (A-G), 607 (T-A), 618 (C-G), 623 (T-A), 631 (T-G), 634 (T-A), and 639 (A-G).

Hasil pohon filogenetik F. Intermedia isolat dari sapi di UPTD RPH kota Kediri dengan data pada GenBank menunjukkan F. Intermedia isolat sapi potong dan sapi perah di UPTD RPH kota Kediri memiliki kekerabatan yang dekat dengan F. Intermedia isolat sapi perah dari China dengan Accesion Number KF543343.1 dan F. Intermedia isolat sapi bulu panjang (yak) dari China Accesion Number MH621335.1. Hasil analisis homologi sampel dari sapi potong dan sapi perah dibandingkan dengan isolat referensi dari GenBank menunjukkan adanya kedekatan dengan presentase terendah 95% dan tertinggi 99% dari masing-masing sampel dan data sekuen yang didapatkan dari GenBank.

Penulis: Dr. Kusnoto, drh., M.Si.

Sumber: https://www.advetresearch.com/index.php/AVR/article/view/1753.