UNAIR NEWS – Universitas Airlangga (UNAIR) menjadi tuan rumah Asean Microbial Biotechnology Conference (AMBC) yang ke 5 di Gedung Airlangga Research Hub (ARH), Kampus Merr-C. Acara yang digelar pada Sabtu (14/6/25) itu menghadirkan materi menarik terkait identifikasi bakteri melalui metode molekuler.
Mengusung judul 16S rRNA Based Molecular Identification of Bacteria, acara tersebut memberikan pengetahuan terkait berbagai metode identifikasi bakteri khususnya secara molekuler. Pembicara pada acara itu, Almando SSi PhD menyampaikan pentingnya identifikasi secara molekuler pada berbagai jenis bakteri.
“Identifikasi bakteri memiliki banyak tujuan yaitu dalam bidang kesehatan dapat digunakan untuk mendeteksi patogen dan menghindari misdiagnosis. Untuk bidang pertanian berguna dalam pembuatan biofertilizer, dan pada lingkungan dengan monitoring bakteri dalam ekosistem, konservasi, dan bioteknologi,” ungkapnya.
Metode Identifikasi
Almando menyebut secara umum identifikasi bakteri dapat dilakukan dengan observasi morfologi makroskopi, mikroskopi, uji biokimia dan molekuler. Secara makroskopi dapat dilakukan dengan melihat bentuk koloni pada media penumbuhan bakteri, sedangkan secara mikroskopis dengan melakukan pewarnaan bakteri seperti pewarnaan gram, dan spora.
”Selanjutnya dapat dilakukan uji biokimia dengan melihat sifat bakteri setelah diberikan perlakuan khusus misalnya uji gula, uji oksidase dan katalase. Selanjutnya dapat dilakukan uji berupa uji molekuler dengan metode DNA barcoding. Serangkaian uji ini penting untuk dapat mengidentifikasi spesies suatu bakteri,” ungkapnya.
Almando juga menekankan pentingnya identifikasi bakteri secara molekuler. Hal itu karena dalam uji lainnya masih memiliki tingkat akurasi yang kurang baik dibandingkan dengan uji molekuler. Terlebih dalam uji biokimia masih memerlukan banyak tahap dan persiapan yang memakan waktu cukup lama.
“Karena itu, uji molekuler dengan DNA barcoding dapat menjadi opsi dalam mengidentifikasi DNA bakteri secara akurat dari gen bakteri. Prinsipnya adalah pada spesies bakteri ada bagian (sekuen) yang spesifik dan hanya terdapat pada spesies tersebut, bagian tersebut lah yang diidentifikasi untuk menentukan spesies bakteri dengan menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction),” ungkapnya.
Penggunaan 16S rRNA
Menjawab tantangan ini, Almando menyebut penggunaan sekuen 16s rRNA dapat menjadi opsi yang tepat. Hal itu karena sekuen ini dapat ditemukan di setiap bakteri sehingga dapat digunakan pada setiap spesies, selanjutnya saat PCR dapat dilakukan kustomisasi desain primer yang dapat digunakan pada bakteri yang akan diidentifikasi.
“Kita harus memperoleh koloni tunggal dan melakukan ekstraksi dna, lalu melakukan amplifikasi dengan PCR dan primer spesifik dan dilanjutkan dengan membaca barcode dna menggunakan software seperti bioedit, chromag, dan lainnya. Selanjutnya dibandingkan dengan data yang sudah ada di NCBI, apabila kesamaannya mencapai 90 persen, maka bakteri tersebut memiliki spesies yang sama,” pungkasnya.
Penulis: Rifki Sunarsis Ari Adi
Editor: Khefti Al Mawalia
