Sekelompok orang di China dirawat di rumah sakit dengan diagnosis awal pneumonia yang tidak diketahui penyebabnya. Para pasien terkait dengan grosir penjual makanan laut segar dan pasar hewan di Wuhan, Provinsi Hubei, Cina. Penyakit ini telah menyebar ke provinsi lain di Cina, Thailand, Jepang, dan Korea Selatan dalam waktu kurang dari sebulan. SARS-CoV-2 ditemukan berasal dari kelelawar. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis mutasi SARS-CoV-2 pada kelelawar di goa habitatnya di Malang, Indonesia.
Virus Corona adalah salah satu patogen utama yang menyerang sistem pernapasan manusia. Sebelumnya, ada wabah virus corona, termasuk Sindrom Pernafasan Akut Parah (SARS)-CoV dan Sindrom Pernafasan Timur Tengah (MERS)-CoV. Kedua wabah tersebut menimbulkan ancaman luar biasa bagi kesehatan masyarakat. Diamati bahwa sekitar 2019, pada akhir Desember, beberapa pasien yang didiagnosis dengan pneumonia dirawat di rumah sakit. Namun, setelah diselidiki lebih lanjut, penyebab pneumonia tidak diketahui. Secara epidemiologis, pasien ini terkait dengan Wuhan, Provinsi Hubei, pasar grosir makanan laut dan hewan basah China. Pada 7 Januari 2020, sejak itu terus menyebar dengan cepat ke lebih dari 190 negara dan wilayah.
Tercatat sejak 31 Desember 2019 hingga 3 Januari 2020 dilaporkan sebanyak 44 kasus, dan dapat dikatakan meningkat pesat. Tidak butuh waktu lama (kurang dari 1 bulan) untuk penyakit ini menyebar ke provinsi lain di Cina, Thailand, Jepang, dan Korea Selatan. Awalnya, penyakit ini diidentifikasi sebagai novel Coronavirus (2019-nCoV). Selanjutnya, pada 11 Februari 2020, WHO mengumumkan nama baru: Corona Virus Disease (Covid19), yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2). Minimnya informasi dan tingkat pengetahuan masyarakat terkait kondisi Covid19 menyebabkan penyebaran kasus menjadi semakin meluas. Ada 86 kasus awal yang dilaporkan di beberapa negara, termasuk Taiwan, Thailand, Vietnam, Nepal, Sri Lanka, Jepang, Singapura, Malaysia, Kamboja, Arab Saudi, Korea Selatan, dan Indonesia. Pada akhirnya, WHO secara resmi menyatakan Covid19 sebagai pandemi pada 12 Maret 2020. Dilaporkan sebanyak 634.835 kasus dan 33.106 kematian di seluruh dunia per 29 Maret 2020. Di Indonesia sendiri, per September 2020, terdapat 203 ribu kasus positif Covid19 dan 8.336 korban yang meninggal dunia. Indonesia berada di tempat keempat dalam jumlah kasus yang dikonfirmasi, dengan 440.549 kasus, serta ketiga di Asia dan ke-21 di dunia dalam jumlah kematian (3). Jika epidemi berlanjut, itu bisa mengancam negara-negara hub utama di Asia. Potensi penularan dari manusia ke manusia perlu menjadi perhatian utama agar petugas kesehatan masyarakat terus waspada, terutama di lokasi ekspor.
Coronavirus (CoV) adalah virus RNA rasa positif untai tunggal yang termasuk dalam keluarga Coronaviridae. Berdasarkan organisasi genom dan hubungan filogenetik, coronavirus telah diklasifikasikan ke dalam subfamili Coronavirinae yang terdiri dari empat genera Alphacoronavirus (αCoV), Betacoronavirus (βCoV), Gammacoronavirus (γCoV), dan Deltacoronavirus (δCoV). Pada 2002-2003, SARS-CoV muncul di Cina dengan 8000 kasus klinis dan 800 kematian. Sejak 2012, MERS-CoV telah menyebabkan epidemi terus-menerus di Semenanjung Arab. Kedua virus telah ditemukan berasal dari kelelawar dan kemudian ditularkan ke musang mamalia menengah dalam kasus SARS-CoV dan unta dalam kasus MERS-CoV dan akhirnya menginfeksi manusia.
Di Indonesia, kelelawar dan hewan lainnya banyak diperdagangkan di beberapa pasar hewan hidup. Kolektor menangkap kelelawar di hutan atau gua dan menjualnya kepada pedagang di pasar hewan dan pemilik restoran. Hingga saat ini, sudah banyak perburuan kelelawar untuk konsumsi manusia. Hal ini dikarenakan sebagian masyarakat di Indonesia masih percaya dengan pengobatan tradisional, seperti mengkonsumsi kelelawar untuk menyembuhkan asma. Selain itu, ada delapan poin berdasarkan kelelawar mana yang akan mewakili bioindikator yang sangat baik. Ini terdiri dari stabilitas taksonomi relatif, wilayah geografis yang luas, keanekaragaman trofik yang kaya, penyediaan jasa ekosistem utama, respons bertahap terhadap perubahan lingkungan yang berkorelasi dengan komponen keanekaragaman hayati lainnya (seperti serangga), penurunan populasi yang cepat karena pertumbuhan populasi yang lambat, kemungkinan mengukur beberapa variabel (ukuran populasi, aktivitas makan, dll.), Dan peran kelelawar sebagai reservoir penyakit menular baru yang epidemiologinya mungkin mencerminkan tekanan lingkungan.
Berdasarkan penjelasan di atas, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis SARS-CoV-2 pada kelelawar di Malang Karst, Indonesia. Penelitian dilakukan di Karst Malang karena tempat ini memiliki intensitas cahaya yang sangat minim dan terutama ditutupi oleh pepohonan, menjadikannya habitat yang nyaman bagi kelelawar. Kelelawar sebagian besar adalah mamalia hutan. Banyak spesies bertengger dan / atau mencari makan di hutan atau menggunakan petak-petak hutan dan koridor sebagai persinggahan dan perhentian migrasi. Selain itu, secara sosio-demografis, terdapat beberapa pemukiman di sekitar lokasi ini. Orang yang tinggal dekat dengan habitat kelelawar lebih berisiko tertular penyakit karena terbiasa bersentuhan dengan kelelawar. Dalam penelitian ini, Bagian tubuh kelelawar lainnya yang digunakan sebagai sampel penelitian termasuk otak, hati, ginjal, usus, pankreas, janin, darah, paru, dan ektoparasit. Sampel diambil secara terpisah dan ditempatkan dalam wadah berisi PBF 10%. Untuk analisis lebih lanjut, kami menggunakan perangkat lunak analisis mutasi RNA Extraction, Real-Time PCR, Sequencing, dan CoV Gisaid untuk menganalisis data sekuensing. Kemudian, perangkat lunak EMBL akan digunakan untuk menganalisis filogenetik. Hasil dan Pembahasan: Terdapat 1 sampel yang menunjukkan hasil positif Covid-19, yaitu usus spesies Cynoptera brachyotis yaitu usus spesies Cynoptera brachyotis . Ada perbedaan antara SARS-CoV-2 pada kelelawar di goa habitat di Malang di Indonesia dibandingkan dengan SARS-CoV dari tahun 2000 hingga 2019. Domain pengikat reseptor protein lonjakan (RBD) adalah bagian paling bervariasi dari genom virus corona. Kesimpulan: Dari hasil penelitian, diperoleh satu sampel positif menggunakan Real-Time PCR, dan berdasarkan analisis mutasi, ditemukan mutasi pada SARS-CoV-2 terhadap virus SARS-CoV dari tahun 2000-2019. Diperlukan penelitian lebih lanjut, terutama mengenai SARS-CoV-2 sebagai vaksin.
Penulis: Prof. Soedjajadi Keman, dr., MS., Ph.D.
