Peternakan domba merupakan aspek yang sangat penting dari pertanian ternak global dan berfungsi sebagai sumber utama produksi daging dan susu untuk memenuhi kebutuhan makanan populasi manusia. Reproduksi berperan penting dalam memastikan kemakmuran sektor peternakan yang penting ini, muncul sebagai elemen dasar dan penting untuk mewujudkan hasil yang berkelanjutan. Ukuran serasah merupakan karakteristik reproduksi yang penting pada domba, yang membawa manfaat ekonomi yang penting. Pemanfaatan genetika molekuler dan biologi telah difasilitasi oleh kemajuan dalam sains dan teknologi, sehingga meningkatkan jumlah keturunan yang dihasilkan. Identifikasi gen yang secara langsung atau tidak langsung terkait dengan ukuran jumlah anak lahir telah memperoleh daya tarik yang signifikan dalam beberapa dekade terakhir. Meningkatkan ukuran jumlah anak lahir tidak mungkin dilakukan dengan menggunakan metode pemuliaan tradisional. Peningkatan genetik terutama dicapai dengan menggunakan metodologi seleksi genetik molekuler. Proses pemilihan sifat-sifat yang diinginkan dalam pembiakan domba dapat ditingkatkan melalui identifikasi polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) yang tepat. Metode seleksi berbasis molekuler ini memungkinkan keterkaitan antara gen-gen tertentu dan kualitas-kualitas yang diinginkan, sehingga menghasilkan akurasi yang lebih tinggi. Karakterisasi SNP merupakan metode yang umum digunakan untuk mendeteksi variasi genetik antar individu. Metode ini melibatkan identifikasi polimorfisme berbasis SNP untuk menilai variasi genetik pada gen-gen yang bertanggung jawab atas fenotipe tertentu. Keragaman genetik sangat penting untuk mendorong pengembangan gen-gen canggih, menjaga populasi yang ada, memajukan proses evolusi, dan memungkinkan adaptasi terhadap perubahan kondisi lingkungan. Identifikasi polimorfisme gen sangat penting untuk pembiakan hewan ternak. Studi ini bertujuan untuk menetapkan genotipe hewan dan hubungannya dengan karakteristik produktif, reproduktif, dan ekonomi.
TGIF1 termasuk dalam keluarga protein domain homolog TALE. TGIF1 mengatur produksi dan sekresi FSH melalui berbagai mekanisme. Pada vertebrata, TGIF1 adalah represor transkripsi yang menghambat pensinyalan TGF-β yang diinduksi SMAD dan berinteraksi langsung dengan gen SMAD; Asosiasi TGIF1 dengan protein SMAD, mediator utama pensinyalan TGF-β, menunjukkan peran pengaturannya. TGIF1 diharapkan berinteraksi dengan SMAD2, sebuah gen yang terlibat dalam fungsi reproduksi. Beberapa penelitian telah mengidentifikasi SMAD2 sebagai gen potensial yang memengaruhi fitur reproduksi pada ternak dengan kesuburan yang bervariasi. Gen ini banyak diekspresikan dalam ovarium domba dan sangat terkonservasi pada mamalia. TGIF1 juga diperkirakan menghentikan pelepasan 17β-estradiol (E2) dan progesteron (P4) dalam sel granulosa ovarium (GC) kambing perah dengan menghentikan aktivitas faktor transkripsi protein spesifisitas 1 (SP1). Variasi nukleotida pada ekson III gen TGIF1 telah diamati pada berbagai ras domba. Variasi ini diyakini memengaruhi respons reproduksi terhadap perubahan musim dan meningkatkan kinerja reproduksi secara keseluruhan. Di sisi lain, variasi dalam TGIF1 yang terkait dengan karakteristik reproduksi pada spesies lain masih belum dieksplorasi. Andings mengindikasikan bahwa TGIF1 memainkan peran penting dalam proses reproduksi mamalia. Mengidentifikasi SNP dan menganalisis hubungannya dengan jumlah anak merupakan langkah penting dalam memahami dasar genetik dari sifat reproduksi. Oleh karena itu, tujuan utama dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi polimorfisme TGIF1 pada domba ekor tipis melalui pengurutan dan menganalisis hubungannya dengan jumlah anak.
Dalam penelitian ini, kami menggunakan analisis asosiasi untuk menyelidiki hubungan antara polimorfisme TGIF1 dan jumlah anak pada domba Indonesia berekor tipis. Lokus TGIF1 SNP7 (rs1092900782) menunjukkan variasi sinonim dalam penelitian sebelumnya. Varian ini telah ditemukan pada enam ras yang berbeda. Konsisten dengan penelitian sebelumnya, SNP rs1092900782 dikaitkan dengan dua genotipe, CC dan CA. Interaksi gen TGIF1 dengan protein SMAD memengaruhi perkembangan folikel dan fungsi ovarium, yang penting untuk kesuburan. Mengingat SMAD2, elemen penting dari pensinyalan TGF-, secara signifikan memengaruhi pematangan oosit dan perkembangan folikel, perubahan TGIF1 dapat memengaruhi karakteristik reproduksi di luar ukuran serasah. Protein GDF-9 2e terlibat dalam pengaturan kelimpahan protein SMAD2/3 dan memiliki tindakan penghambatan pada produksi E 2 yang diinduksi FSH. Meskipun SNP TGIF1tidak terkait secara signifikan dengan jumlah anak domba berekor tipis di Indonesia, mereka mungkin masih memengaruhi sifat reproduksi lainnya, seperti perkembangan folikel, tingkat ovulasi, atau produksi hormon, melalui mekanisme yang melibatkan regulasi epigenetik atau interaksi dengan gen lain. Secara khusus, interaksi antara TGIF1 dan HDAC1, seperti yang diungkapkan oleh data STRING, menunjukkan bahwa TGIF1 dapat memodulasi asetilasi histon dan ekspresi gen dalam GC, sehingga memengaruhi perkembangan folikel dan ovulasi. Selain itu, peran TGIF1 dalam pensinyalan TGF-β dan interaksinya dengan protein SMAD dapat lebih jauh berkontribusi pada efisiensi reproduksi dengan cara yang tidak hanya dipengaruhi oleh jumlah anak domba. Penelitian di masa mendatang harus menyelidiki mekanisme potensial ini untuk memperjelas relevansi SNP TGIF1 yang lebih luas dalam biologi reproduksi. Investigasi klinis telah memberikan bukti yang menunjukkan bahwa kelainan atau variasi genetik dalam pensinyalan yang dimediasi TGF dikaitkan dengan berbagai masalah reproduksi, termasuk sindrom ovarium polikistik, kegagalan ovulasi, dan keganasan ovarium. Mengingat peran TGIF1 dalam mengatur fosforilasi SMAD2/3 secara negatif dan dampaknya pada steroidogenesis pada GC, masuk akal bahwa mekanisme serupa pada domba dapat memodulasi fungsi ovarium dan memengaruhi ukuran anak dengan memengaruhi perkembangan folikel dan produksi hormon. Oleh karena itu, meskipun jumlah domba betina yang tidak mencukupi dapat menjelaskan ketidakmampuan kita untuk mengidentifikasi genotipe ketiga pada lokus SNP7 atau membuat hubungan antara lokus ini, kami mengusulkan bahwa tidak adanya genotipe AA homozigot pada lokus SNP7 di TGIF1 terkait dengan variasi ukuran anak pada domba Indonesia berekor tipis. Hubungan ini kemungkinan disebabkan oleh modifikasi fungsi TGIF1, yang memengaruhi karakteristik reproduksi. Peran serupa dari TGIF1 telah ditemukan pada spesies lain. Dengan demikian, strategi seleksi domba ekor tipis Indonesia untuk meningkatkan jumlah anak dapat menggunakan H3 dan H6 sebagai indikator genetik awal. Ditemukan sembilan situs polimorfik, yang 100 di antaranya menyebabkan perubahan asam amino. Varian genetik ini menunjukkan kemungkinan dampak pada jumlah anak pada domba ekor tipis Indonesia. Kurangnya asosiasi yang signifikan membatasi penerapan hasil. Ukuran sampel yang terbatas dan penekanan pada komunitas domba tunggal menggarisbawahi perlunya validasi tambahan dalam populasi yang lebih besar dan beragam.
Penulis korespondensi: Prof. Dr. Mustofa Helmi Effendi, drh., DTAPH
Informasi detail dari studi ini dapat dilihat pada tulisan kami di:
Mutasem Abuzahra, Dwi Wijayanti, Mustofa Helmi E(endi, Imam Mustofa, Jean Pierre Munyaneza, and Ikechukwu Benjamin Moses. 2025. Improved Litter Size in Thin-Tailed Indonesian Sheep Through Analysis of TGIF1 Gene Polymorphisms. Veterinary Medicine International. Volume 2025, Article ID 7778088, 12 pages
