Seringkali proses pemeriksaan analisis DNA dihadapkan pada kondisi bahan atau spesimen DNA tidak dalam kondisi segar atau fresh untuk dilakukan DNA typing atau dikenal dengan istilah DNA degraded (degradasi DNA) (Butler et al, 2003). Kondisi degradasi DNA terutama dijumpai pada kasus dengan jenasah terbakar yang hebat. Kondisi spesimen mengalami degradasi DNAakibat paparan suhu tinggi juga merupakan suatu kendala dalam analisis DNA.
Upaya untuk mengatasi identifikasi dengan DNA yang mengalami kerusakan adalah dengan merancang produk amplikon yang lebih pendek dibandingkan dengan yang sering digunakan sebelumnya, yang dapat diperoleh dengan penggunaan mini primer STR set. Mini primer STR ini pada sampel dalam kondisi DNA yang terdegradasi masih dapat diamplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) sehingga identifikasi forensik masih dapat dilakukan (Coble & Butler, 2005). Mini primer untuk mtDNA ditujukan pada daerah hypervariable 1 (HV1) ataupun (HV2) displacement-loop (d-loop), sehingga didapatkan amplikon dengan ukuran yang lebih pendek (Gabriel et al, 2001).Sejauh ini identifikasi forensik molekuler pada kerusakan DNA sebagai efek paparan suhu tinggi pada sampel DNA tulang dan gigi dalam belum banyak diketahui.
Diharapkan dari hasil penelitian yang akan dilakukan ini membantu memecahkan berbagai kasus forensik yang melibatkan pemeriksaan DNA forensik dengan spesimen DNA inti dan mitokondria yang terdegradasi sebagai akibat paparan suhu tinggi, serta dapat memberi informasi ketahanan tulang dan gigi dalam melindungi DNA didalamnya terhadap paparan suhu tinggi.
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis lokus DNA tulang dan gigi yang masih dapat terdeteksi sebagai efek paparan suhu 5000C, 7500C, 10000C dan 12500C selama 20,30 dan 40 menit pada sampel DNA pada identifikasi forensik molekuler, berdasarkan lokus STR CODIS dan mini primer STR CODIS (D3S1358, FGA, CSF1PO, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51 dan D21S11), Y-STRs (DYS19, DYS389 dan DYS390) serta mtDNA 143 bp dan 126 bp
Dari hasil penelitian, pengukuran berat sampel menunjukkan adanya penurunan 65.1%-91.8% tulang setelah perlakuan berbagai suhu (5000C, 7500C, 10000C dan 12500C) dan waktu (20’, 30’ dan 40’) sedangkan gigi 28,6%-66,7%. Hasil pengukuran kadar DNA dengan menggunakan UV-Spektrofotometer menunjukkan adanya pengaruh perlakuan paparan suhu dan waktu yang bermakna terhadap penurunan kadar DNA tulang (p:0.000) dan gigi (p:0.000).
Hasil deteksi DNA lokus STR CODIS efek paparan suhu tinggi (suhu 5000C, 7500C, 10000C dan 12500C selama 20’, 30’ dan 40’) pada bahan tulang dengan primer standar, yang masih terdeteksi adalah D3S1358 (41,67%), CSF1PO (16,67%) dan D16S539 (58,53%). Dari ke 3 lokus tersebut, yang menunjukkan adanya pengaruh interaksi bermakna akibat efek perlakuan (suhu dan waktu papaan) hanya lokus CSF1PO (p: 0.018). Pada bahan gigi hasil deteksi DNA setelah paparan (suhu 5000C, 7500C, 10000C dan 12500C selama 20’, 30’ dan 40’) adalah D3S1358 (41,67%), CSF1PO (29,17%), D7S820 (62,50%), D8S1179 (66,67%), D13S317 (37,50%), D16S539 (41,67%). Dari ke 6 lokus pada gigi yang menunjukkan adanya pengaruh interaksi bermakna akibat efek perlakuan (suhu dan waktu paparan) hanya lokus CSF1PO (p: 0.037).
Kesimpulan dalam penelitian pengaruh berbagai paparan suhu ini, adalah hasil amplifikasi lokus STR CODIS pada bahan tulang yang terdeteksi dengan primer standar: D3S1358 dan D16S539 (paparan suhu 12500C-20’); CSF1PO (paparan suhu 5000C-40’) dan pada bahan gigi: D7S820 dan D8S1179 (paparan suhu 12500C-40’); D3S1358 (paparan suhu 12500C-20’); D13S317 (paparan suhu 10000C-40’); D16S539 (paparan suhu 7500C-40’); CSF1PO (paparan suhu 7500C-20’).
Penulis: Prof. Dr. Ahmad Yudianto, dr., Sp.F(K)., M.Kes., SH.
Link: http://saber.ucv.ve/ojs/index.php/rev_gmc/article/view/28542
Baca juga: Potensi Anti-Inflamasi dan Antibakteri dari Ekstrak Kurma Ajwa
