Secara umum, penyebab diare pada anak adalah karena infeksi virus atau bakteri, seperti rotavirus dan bakteri salmonella. Terkadang, diare pada anak bisa disebabkan oleh parasit, seperti giardia. Namun, kasus ini lebih jarang terjadi. Rotavirus grup A (RVA) adalah penyebab utama gastroenteritis akut, yang sering dikaitkan dengan gejala parah pada anak di bawah 5 tahun. Penelitian untuk mengetahui prevalensi dan distribusinya genotipe RVA pada anak-anak di Indonesia sangatlah penting. Beberapa genotipe Rotavirus G dan P ditemukan. Menariknya, strain rotavirus G3 equine like strain yaitu secara homologi viru mirip dengan rotavirus yang menginfeksi kuda ditemukan sebagai yang dominan strain di Sumatera Selatan pada tahun 2016 dan di Papua Barat pada tahun 2017–2018.
Selain itu, galur G3 equine like strain di Sumatera Selatan yang terdeteksi pada tahun 2016 sepenuhnya digantikan oleh G1 dan G2 strain yang benar-benar menginfeksi manusia di tahun 2018. Banyak tipe dari rotavirus yang muncul di Indonesia termasuk tipe yang jarang yaitu strain G12. Sedangkan tipe yang dominan adalah G1 dan G3. Strain G12 RVA telah muncul secara global sejak tahun 2007. Belum ada laporan sekuens genom utuh dari RVA G12 di Indonesia. Sehingga penelitian analisis genom lengkap dengan Next Generation Sequencing telah dilakukan pada Rotavirus G12 dari anak-anak yang dirawat di rumah sakit dengan Acute Gastroenteritis di Surabaya dari tahun 2017 hingga 2018. Dari hasil yang didapatkan, RVA G12 adalah galur mirip Wa (G12-P[8]-I1-R1-C1 -M1-A1-N1-T1-E1-H1) dan dikelompokkan ke dalam garis keturunan-III dari pohon filogenetik gen VP7.
Analisis pohon filogenetik mengungkapkan bahwa kelima strain G12 Indonesia (SOEP379, STM371, STM413, STM430, dan STM433) secara genetik berdekatan satu sama lain di semua 11 segmen genom dengan identitas nukleotida 98,0%-100%, kecuali VP3 dan NSP4 dari STM430, menunjukkan bahwa strain ini berasal dari RVA G12 leluhur yang sama. Perubahan dari G12P[6] lineage-II pada tahun 2007 menjadi G12P[8] lineage-III 2017-2018 menunjukkan evolusi dan keragaman RVA G12 di Indonesia selama kurang lebih 10 tahun terakhir. Pemantauan yang berkelanjutan mungkin diperlukan di daerah-daerah terpencil di Indonesia. Sehingga diharapkan dari hasil penelitian distribusi genotype rotavirus di Indonesia bisa memberikan gambaran sirkulasi strainnya dan tentunya akan digunakan sebagai upaya surveilans genomik yang terasa penting dilakukan sama halnya ketika saat pandemi COVID-19 sangat penting untuk melakukan monitoring varian.
Penulis: Laura Navika Yamani
Link Jurnal: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36625390/
