Sejak terjadinya pandemic yang mewabah di seluruh dunia berbagai upaya untuk manangani penyakit COVID-19 telah banyak dilakukan. Upaya itu dilakukan baik dalam bentuk penemuan obat anti virus maupun vaksin yang diharapkan mampu untuk menangkal terjadinya penyakit berupa gangguan pernafasan tersebut.
Kemajuan teknologi terutama di bidang komputasi telah memungkinkan disain obat dan pengujiannya dapat dilakukan terlebih dahulu menggunakan bantuan computer yang dikenal dengan pengujian in silico. Metode komputasi in silico pada dasarnya dibagi menjadi 3 yaitu 1. Metode mekanika molekul yang sangat cepat namun kurang teliti, 2. Metode ab initio yang sangat teliti namun butuh waktu yang lebih lama dan mesin yang lebih kuat, dan 3. Metode yang berada di antara keduanya yaitu semi empiris. Belakangan muncul metode baru yaitu Density Functional Theory (DFT) yang memiliki ketelitian tinggi namun membutuhkan waktu yang tidak terlalu lama dan mesin yang tidak terlalu tinggi. Itu sebabnya maka DFT akhir-akhir ini banyak digunakan dalam berbagai percobaan in silico termasuk dalam upaya penemuan obat baru COVID-19.
Dalam pelaksanaannya, DFT membutuhkan sehimpunan parameter yang dihimpun ke dalam sebuah basis set. Basis set tersebut digunakan untuk menyelesaikan persamaan gelombang Schrodinger. Di antara sekian banyak basis set dipilihlah Becke3-Lee-Yang-Parr (B3LYP) 6-311+G(d,p).
Senyawa baimantuoluoamida A dan baimantuoluoamida B yang akan dipelajari bagaimana perilakunya dalam menangani COVID-19 dieksplorasi berbagai karakteristiknya seperti celah energi, kekerasan dan kelembutan lokalnya, kelektronegatifan, elektrofilisitas (ketertarikan terhadap elektron). Karakteristik tersebut digunakan untuk mempelajari reaktivitas kedua molekul. Kestabilan dan aktivitas alamiah kedua senyawa juga dipelajari menggunakan orbital ikatan alami.
Untuk melakukan penghitungan-penghitungan karakteristik molekul dalam penelitian ini digunakan perangkat lunak GaussView 05 dan penghitungannya menggunakan program Gaussian 09.
Interaksi antara senyawa baimantuoluoamida A dan baimantuoluoamida B dengan dengan protein main protease (Mpro) dipelajari dengan simulasi dinamika molekul. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa baimantuoluoamida A dan baimantuoluoamida B merupakan senyawa bioaktif yang dapat digunakan sebagai senyawa kandidat untuk penanganan penyakit COVID-19.
Penulis: Dr. Imam Siswanto, Drs., M.Si.
Jurnal: https://link.springer.com/article/10.1134/S0021364023600039
