Helicobacter pylori adalah bakteri yang menginfeksi sekitar setengah populasi dunia, serta berperan penting dalam terjadinya kanker lambung dan gastric mucosal-associated lymphoid tissue (MALT) lymphoma. Keragaman genetiknya yang sangat tinggi, hasil dari hubungan evolusioner jangka panjang dengan manusia, menyebabkan adanya perbedaan prevalensi infeksi dan risiko penyakit di berbagai wilayah. Prevalensi infeksi yang sangat rendah disertai tingkat inflamasi yang ringan di beberapa negara mungkin disebabkan oleh keberadaan strain dengan potensi virulensi yang rendah.
Peneliti dari Oita University bekerjasama dengan peneliti dari BRIN, Universitas Airlangga, University of Peradeniya & Teaching Hospital Peradeniya, Van Lang University, Cho Ray Hospital, Osaka City University, Abu Dhabi Campus, dan Nippon Medical School Tama Nagayama Hospital untuk melakukan penelitian dengan tujuan untuk menyelidiki data analisis genom utuh (whole-genome) dari strain H. pylori asal Sri Lanka.
Strain H. pylori diisolasi dari spesimen biopsi dan menjalani sekuensing genom utuh untuk meneliti resistensi antibiotik serta potensi virulensinya. Prevalensi infeksi H. pylori di Sri Lanka sangat rendah (1,7% berdasarkan studi sebelumnya), dan hanya enam strain yang berhasil diisolasi melalui kultur bakteri.
Analisis resistensi antibiotik menunjukkan prevalensi resistensi metronidazole yang tinggi (83,3%, yaitu lima dari enam strain), dan pemeriksaan gen terkait mengungkap adanya pemendekan (truncation) pada gen rdxA dan frxA, serta polimorfisme nukleotida tunggal pada gen rdxA, frxA, ribF, omp11, dan fur. Sebagian besar dari 144 gen virulensi yang diuji ditemukan pada strain ini, kecuali cag pathogenicity island (cagPAI) (tidak ada pada empat dari enam strain), serta gen babA/B/C dan tlpB. Sistem sekresi tipe 4 (tfs) yang tidak lengkap ditemukan pada tiga strain.
Analisis pan-genome yang membandingkan strain Sri Lanka dengan strain H. pylori dari negara lain menunjukkan bahwa gen htpX hanya ditemukan pada strain asal Sri Lanka (p–corrected = 0,0008). Analisis filogenetik menunjukkan bahwa strain Sri Lanka berkelompok dengan strain dari garis keturunan hpAsia2 dan hpEurope.
Dengan menggunakan metode genomik komparatif, memberikan perspektif yang lebih luas mengenai faktor-faktor virulensi H. pylori. Analisis genomik komparatif kami mengungkap adanya gen-gen yang bersifat spesifik menurut lokasi geografis, yang menunjukkan jumlah gen virulen yang lebih sedikit pada sebagian besar strain asal Sri Lanka, selaras dengan hasil percobaan in vitro dan penilaian histologis terhadap inflamasi lambung. Studi ini memberikan wawasan yang komprehensif mengenai virulensi dan resistensi antibiotik H. pylori. Penelitian lanjutan dengan populasi yang lebih besar dan beragam, serta percobaan in vitro mengenai interaksi host–pathogen, diperlukan untuk menetapkan hubungan kausal.
Artikel lengkap dapat diakses pada:
https://www.mdpi.com/2076-2607/13/2/420#
Penulis:
Prof. Yoshio Yamaoka, MD., Ph.D
