White Spot Syndrome Virus (WSSV) merupakan satu dari banyak virus yang sering dijumpai di produk perikanan khususnya udang. Virus ini digolongkan dalam Hama dan Penyakit Ikan Karantina (HPIK) golongan 1 yang dapat menyebar akibat adanya aktivitas ekspor-impor produk perikanan. WSSV dapat mengakibatkan banyak sekali permasalahan seperti kegagalan budidaya hingga penolakan untuk ekspor yang dapat merugikan. Salah satu upaya untuk menekan penyebaran WSSV adalah dengan cara pemeriksaan keberadaan virus pada lalu lintas ekspor-impor produk perikanan.
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu metode pemeriksaan yang dapat secara akurat dan cepat dalam mengidentifikasi adanya virus pada produk perikanan. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengetahui cara pemeriksaan WSSV pada udang vaname dan udang windu yang sudah dibekukan.
PCR merupakan pemeriksaan virus secara molekuler dengan metode amplifikasi atau memperbanyak materi genetik virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui metode pemeriksaan WSSV menggunakan metode PCR di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BKIPM) Surabaya.
Terdapat 5 tahap dalam proses pengujian dengan metode PCR yakni nekropsi sampel, ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis dan visualisasi hasil. Nekropsi dilakukan dengan mengambil 20 mg bagian ekor dan kaki udang. Setelah sampel didapat akan dilakukan ekstraksi untuk memisahkan DNA atau RNA dari komponen sel menggunakan silica extraction kit.
Dalam proses ekstraksi terdapat 3 tahapan yakni pelisisan sel sampel, pemisahan kandungan DNA/RNA virus dari protein dan selulosa serta pemurnian DNA/RNA virus. Supernatant hasil ekstraksi akan diamplifikasi menggunakan mesin PCR. Amplifikasi adalah tahapan utama dan terpenting dalam metode PCR. Metode ini terdiri dari 5 proses yakni pra-denaturasi, denaturasi, Anealing, ekstensi dan ekstensi final.
Sampel hasil amplifikasi akan dimasukkan dalam kotak gel agarosa dengan konsentrasi 1,5 % dan direndam pada larutan 1x Buffer TAE untuk dilakukan elektroforesis. Prinsip utama elektroforesis adalah migrasi molekul bermuatan menuju elektroda karena pengaruh arus listrik. Kotak gel dihubungkan dengan arus listrik bertegangan 115 volt selama 15 menit dan diamati dibawah sinar UV. Pita DNA sampel akan berpendar ketika terkena sinar UV dan hasilnya akan divisualisasikan menggunakan UV Transluminator yang dihubungkan dengan kamera dan komputer.
Berdasarkan hasil dari pengujian tiga sampel udang vaname (Litopenaeus vannamei) dan satu sampel udang windu (Penaeus monodon) beku semuanya menunjukkan hasil visualisasi yang negatif. Sampel dikatakan positif apabila berdasarkan hasil visualisasi dengan UV Transluminator pita DNA sampel berpendar pada nilai 940 bp yang merupakan karakteristik DNA WSSV. (*)
Penulis: Arif Habib Fasya, S.Pi., M.P
Informasi lebih lengkap tulisan ini dapat diakses pada :
https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1755-1315/1036/1/012083/pdf
Fadilah, A. N., & Fasya, A. H. (2022, July). Examination of White Spot Syndrome Virus (WSSV) in White Shrimp (Litopenaeus vannamei) and Tiger Prawn (Penaeus monodon) with Polymerase Chain Reaction (PCR) Method. In IOP Conference Series: Earth and Environmental Science (Vol. 1036, No. 1, p. 012083). IOP Publishing.
