Identifikasi melalui analisis DNA yang melibatkan kromosom somatik, pembanding digunakan adalah ayah dan ibu. Sedangkan pada analisis DNA mitokondria, pembanding yang digunakan adalah kerabat dalam satu garis keturunan ibu. Keunikan sistem pewarisan ini telah dimanfaatkan dalam berbagai bidang yaitu penentuan hubungan kekerabatan, studi evolusi dan migrasi global manusia modern, bidang forensik dan identifikasi penyakit genetik. Prinsip analisis DNA forensik, pada DNA mintokondrial (mtDNA) didasarkan pada proses pembanding dalam satu garis keturunan ibu (maternal) atau kekerabatan maternal (kinship maternal). Penerapan kinship diantaranya melalui saudara kandung (sibling analysis) pada identifikasi DNA forensik baik DNA inti dan mtDNA digunakan pada berbagai kasus di bidang forensik, yakni parentage testing (civil or criminal), disaster victim identification, missing persons identification, familial searching.
Penduduk pulau madura merupakan suatu kelompok etnik yang sebagian besar sampai saat ini masih mempertahankan adat istiadat leluhurnya berdampingan selaras dengan agama yang dianutnya. Perkawinan dalam masyarakat di pulau madura pada daerah pelosok terutama daerah kepulauan terkecil madura masih terjadi antara kalangan mereka sendiri (endogami). Perkawinan endogami dilihat dari sudut pandang genetik akan meningkatkan frekuensi geneotip homosigot..
Strategi penelitian menerapkan amplifikasi PCR dan sekuensing pada HVS-1 143 bp (nt 16268-16410) dan HVS-2 126 bp (nt 34-159) daerah D-Loop mtDNA. Sampel buccal swab dari 50 keluarga relawan suku madura murni yang terdiri dari ibu dan dua anak.
Profil sampel penelitian ini yakni perempuan – saudara perempuan (40%), laki-laki – suadara laki-laki (35%) dan perempuan – saudara laki-laki (25%). Hasil analisis homologi urutan nukleotida sampel terhadap urutan rCRS (reanalysis Cambridge Reference Sequence (Andrews , 1999) pada 126bp D-Loop HVS-2 (nt 34-159), serta hasil homologi sampel terhadap rCRS pada 143bp D-Loop HVS-1 (nt 16268-16410). Hasil analisis homologi perempuan-saudara perempuan, perempuan-saudara laki-laki dan laki-laki-saudara laki-laki masing-masing terdapat 11 varian atau morf pada 126bp HVS-2 D-Loop mtDNA (nt 34-159). Adapun prosentase tertinggi dalam varian perempuan-saudara perempuan (129GàC:15%), varian laki-laki(120CàA:11,5%)–saudara perempuan (120CàA:11,5%), dan varian laki-laki – saudara laki-laki( 131T-àC:11,5%).
Hasil analisa homologi perempuan-saudara perenpuan dan laki-laki-saudara perempuan terdapat 11 varian atau morf pada 143bp HVS-1 D-Loop mtDNA (nt 16269-16410), prosentase tertinggi varian pada perempuan-saudara perempuan (16387AàG,16387AàC:15%), laki-laki-saudara perempuan(16393CàT,16393CàA:11,5%). Sedangkan homologi lak-laki-sauadara laki-laki terdapat 13 varian pada 143bp HVS-1 D-Loop mtDNA (nt 16268-16410), prosentase tertinggi varian 16367AàG,16367AàC;11%.
Varian-varian tersebut merupakan spesifik untuk populasi suku madura yang bermukim di pulau madura, karena sejauh ini penelitian varian nukleotida daerah D-Loop mtDNA belum banyak dilakukan terutama pada lokus 26bp HVS-2 D-Loop mtDNA nt 34-159 dan 143bp HVS-1 D-Loop mtDNA nt 16268-16410.
Dalam penelitian ini, sukarelawan yakni mereka yang asli kelahiran madura serta pola perkawinannya endogami, sesama orang dari suku madura. Namun dengan perkembangan teknologi serta sarana transportasi yang memadai sehingga pola perkawinan endogami mulai menurun. Hal ini bisa dilihat pola varian nukleotida penelitian ini menunjukkan banyaknya varian. Dalam penelitian populasi sangat penting untuk mengetahui dengan jelas proses sampling agar didapatkan ketepatan donor DNA beserta silsilah nenek moyangnya.
Terdapat empat mekanisme utama yang dapat merubah frekuensi gen dan genotip dalam populasi yaitu mutasi, seleksi, gene flow dan genetic drift. Mutasi dan gene flow akan menaikkan variasi dalam pupolasi. Gene flow adalah pertukaran material genetik antar populasi yang disebabkan oleh proses migrasi dan perkawinan. Dalam hasil penelitian ini masih perlu penelitian lebih lanjut tentang varian hasil penelitian ini serta termasuk haplotipe atau haplogroup tertentu.
Keragaman genetik (Genetic diversity) semakin berkurang dengan adanya migrasi. Ketika sekelompok kecil dari nenek moyang kita bermigrasi ke daerah baru, pada dasarnya mereka membawa dalam diri mereka sampel yang lebih kecil dari genetic diversity komunitas asal
Dalam evolusi manusia menurut teori klasik disebabkan oleh faktor eksternal seperti iklim, geografis dan topologi, namun penelitian dalam antropologi dewasa ini menyatakan bahwa perubahan budaya merupakan faktor yang potensial untuk merubah suatu lingkungan dan kebiasaan sehingga memicu evolusi yang cepat yang disebabkan oleh interaksi antara genetic dan budaya..
Hasil penelitian ini merekomendasikan bahwa penelitian tentang populasi ataupun bidang medis lainnya tidak hanya terfokus pada genetic saja, tetapi juga memperhatikan faktor budaya dan adat istiadat suatu populasi. Gene pool bukan hanya merupakan suatu kumpulan gen tetapi merupakan suatu system dinamis yang terorganisir dan memuat sejarah masa lalu dari suatu populasi. Setiap informasi genetik mempunyai aspek sejarah, antropologi dan statistic tertentu sehingga diperlukan koordinasi dan kolaborasi dari berbagai disiplin ilmu.
Penulis : Dr.Ahmad Yudianto,dr.SpF.M[K].,SH.,M.Kes
Informasi detail dari riset ini dapat dilihat pada tulisan kami di :
Ahmad Yudianto, Agung Sosiawan, Retno Palupi, Masniari Novita, SIBLING ANALYSIS USING MITOCHONDRIAL DNA DISPLACEMENT LOOP (mtDNA D-LOOP) REGION IN THE IDENTIFICATION OF MADURESE POPULATION. Sapporo Medical Journal Volume 56, Issue 04, April 2022
