Indonesia telah menetapkan rencana untuk menghilangkan malaria di seluruh negeri pada tahun 2030, dengan target bertahap berdasarkan wilayah tergantung pada endemisitas malaria. Kalimantan Tengah merupakan salah satu provinsi berkembang di Indonesia dengan mayoritas penduduknya bekerja di sektor pertanian, perkebunan dan pertambangan. Hal ini telah menyebabkan sejumlah besar pembukaan lahan baru untuk perkebunan kelapa sawit dan peningkatan praktik penambangan emas tradisional, yang merupakan salah satu alasan provinsi ini belum berhasil menghilangkan insiden malaria. Pada 2019, Annual Parasite Index (API) di provinsi ini sebesar 0,1. Tiga dari 14 kabupaten/kota kini masih melakukan upaya untuk mencapai eliminasi malaria, seperti Kabupaten Kapuas, Gunung Mas, dan Murung Raya yang endemisitasnya rendah. Kota Palangka Raya, ibu kota provinsi ini telah tersertifikasi bebas dari malaria.
Masyarakat adat pulau Kalimantan disebut Dayak. Penambangan emas ilegal menarik para migran untuk datang ke pulau itu untuk menetap. Orang-orang migran datang dari luar distrik bahkan dari luar pulau. Orang-orang migran dikategorikan sebagai orang-orang non Dayak yang telah tinggal di daerah penelitian. Infeksi plasmodium vivax ditularkan di sebagian besar kepulauan Indonesia. Selama tahun 2019, kasus P. vivax diperkirakan lebih rendah (37,19%) dibandingkan P. falciparum (60,88%).
P. vivax adalah salah satu spesies parasit malaria manusia yang menyebabkan malaria jinak. Kasus vivax dapat menyebabkan penyakit malaria yang ringan dan didistribusikan secara luas, dan lebih sulit dikendalikan dan dihilangkan daripada Plasmodium falciparum di daerah di mana mereka simpatrik. Hipnozoit adalah tahap dorman P. vivax dapat menyebabkan kekambuhan dalam beberapa minggu atau bulan setelah infeksi awal, mempersulit identifikasi penyakit baik sebagai infeksi ulang atau kekambuhan, dan menyebabkan kemungkinan kegagalan pengobatan. Tidak seperti P. falciparum, budaya in vitro berkelanjutan dari P. vivax masih sulit untuk dibangun. Darah dari pasien yang terinfeksi P. vivax adalah satu-satunya sumber sampel untuk studi molekuler. Selama pandemi Covid-19, malaria tetap menjadi masalah kesehatan di seluruh dunia dan mempengaruhi Protein permukaan meozoit-1 adalah protein yang ditemukan di permukaan merozoit yang penting untuk invasi parasit ke eritrosit dan merupakan kandidat vaksin potensial.
Menyelidiki keragaman genetik populasi P. vivax sangat penting yang dapat berkontribusi pada pengendalian dan eliminasi malaria. Gen Plasmodium vivax merozoite surface protein-1 (Pvmsp-1) adalah penanda genetik yang paling umum digunakan untuk menentukan keragaman genetik P. vivax. Gen Pvmsp-1 mengandung 13 alel dan blok yang sangat bervariasi. Blok variabel berisi blok 2 (wilayah F1), 6-8 (wilayah F2), dan 10 (wilayah F3). Analisis Pvmsp-1 untuk segmen F1, F2 dan F3 variasi alelik menggunakan reaksi berantai polimerase dan polimorfisme panjang fragmen restriksi (PCR-RFLP) di Thailand telah dilaporkan memiliki 5, 2, dan 3 varian alelik, masing-masing, di Pakistan adalah 23, 41 dan 23 varian alelik, masing-masing, dan di India adalah 6, 2, dan 3 varian. Protein permukaan meozoit-1 adalah protein yang ditemukan di permukaan merozoit yang penting untuk invasi parasit ke eritrosit dan merupakan kandidat vaksin potensial.
Struktur populasi genetik P. vivax di Provinsi Kalimantan Tengah, Indonesia belum diteliti secara sistematis. Investigasi variasi alel Pvmsp-1 di Indonesia sangat terbatas. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi alel berbasis PCR Pvmsp-1 dari penduduk asli dan migran di Provinsi Kalimantan Tengah sebagai informasi latar belakang untuk memahami penularan infeksi P. vivax di daerah ini.
Selama masa pandemic Covid-19 tidak memungkinkan mengambil sampel darah segar dari penderita malaria, maka sampel penelitian adalah berupa arsip dari 140 hapusan darah dengan pewarnaan Giemsa dan tes deteksi cepat (rapid diagnostic test). Sampel dibagi menjadi populasi penduduk asli (indigenous) dan penduduk pendatang (migrant). Setelah konfirmasi dengan PCR satu langkah, hanya sampel infeksi P. vivax dan campuran yang diperkuat ke nested Polymerization Chain Reaction (PCR) untuk genotipe variasi alelik Pvmsp-1 di segmen F1, F2, dan F3.
Informasi keragaman genetik parasit malaria berkaitan dengan penularan malaria di daerah endemik dapat memberikan informasi yang dapat membantu program pengendalian malaria untuk mencapai target. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui keragaman genetik gen Plasmodium vivax merozoite surface protein-1 (Pvmsp-1) di Provinsi Kalimantan Tengah.
Untuk melakukan amplifikasi PCR, DNA diekstraksi dari arsip Giemsa-stained thin and thick blood smears (GSBS) dan menggunakan kartrid RDT. DNA kemudian diperkuat untuk PCR satu langkah menggunakan primer dan kondisi PCR berdasarkan yang dijelaskan sebelumnya oleh Patsoula et al., 2003 dan Arwati et al., 2013 untuk konfirmasi spesies Plasmodium. Primer yang digunakan dalam PCR ini didasarkan pada urutan RNA ribosom sub unit kecil (ssu-rRNA) dari P. falciparum dan P. vivax. Produk PCR kemudian diverifikasi melalui elektroforesis pada gel agarosa 2% dan divisualisasikan pada sinar ultra-violet dan didokumentasikan. Sampel positif yang ditentukan oleh PCR kemudian digunakan untuk amplifikasi PCR bersarang untuk menganalisis variasi alel Pvmsp-1.
Hasil genotiping 23 sampel positif PCR menghasilkan 13 genotipe. Di segmen F1, tiga varian alelik tipe A mengandung subtipe A1 (1.050 base pair/bp), A2 (350 base pair/bp), A3 (150 base pair/bp), dan tipe B (100 base pair base pair/bp). Di segmen F2, genotipe mono terdeteksi sebagai varian tipe A (1.050 base pair/bp) dan tipe B3 (150 base pair/bp), beberapa genotipe terdeteksi sebagai tipe B yang mengandung subtipe B1 (250 base pair/bp), B2 (200 base pair/bp), dan B3 (150bp). Pada segmen F3, tiga varian alelik yang dihasilkan dari empat genotipe mono adalah tipe A (350 base pair/bp), tipe B (300 base pair/bp), dan dua tipe C (250 base pair base pair/bp).
Kesimpulan: Variasi alel yang rendah dari gen Plasmodium vivax merozoite surface protein-1 (Pvmsp-1) mencerminkan situasi aktual dari status endemik rendah dari malaria Plasmodium vivax di Kalimantan Tengah.
Penulis: Prof. Soedjajadi Keman, dr., MS., Ph.D.
Referensi:
Lestarisa T, Arwati H, Dachlan, Keman S, Safudin D (2022) The Use Of Archived Giemsa-Stained Blood Smears And Rdt For Pcr-Based Genotyping Of Pasmodium Vivax Merozoite Surface Protein-1 In Central Kalimantan Province, Indonesia. Afr J of Infect Dis. 16(1):000-000 https://doi.org/10.21010/Ajid.v16i2
