Keanekaragaman sumber daya genetik ternak menggambarkan variasi yang diwariskan di dalam dan di antara populasi ternak, termasuk berbagai jenis kambing. Peternak di Indonesia beternak berbagai jenis kambing; setiap ras memiliki ciri yang unik dan berbeda berdasarkan lokasi atau area budidayanya. Kambing yang dikenal dengan nama Peranakan Etawa ini dihasilkan dari persilangan kambing asli Indonesia yaitu kambing Kacang dengan kambing Etawa India. Kambing Peranakan Etawa sering digunakan dalam peningkatan kualitas bibit kambing karena mempunyai persentase produksi daging yang lebih tinggi dibandingkan kambing lokal lainnya. Selama satu abad masyarakat mengembangbiakkan persilangan kambing Etawa, Kacang, dan Jawarandu akan menghasilkan jenis kambing Senduro. Kambing tersebut sudah lama di mengembangbiakkan di Kabupaten Lumajang, Kecamatan Senduro Jawa Timur. Karena para peternak sudah bertahun-tahun memilih kambing Senduro hasil persilangan Etawa, maka ciri fisiknya umumnya mirip dengan kambing Peranakan Etawa.

Perkawinan silang menyebabkan berkembangnya strain baru sehingga diperlukan peningkatan kualitas genetik agar dapat terus menghasilkan ternak unggul. Peningkatan mutu genetik ternak merupakan suatu kegiatan pemuliaan ternak untuk memperoleh produktivitas ternak yang baik. Pada tingkat molekuler, seleksi dapat dilakukan dengan mengevaluasi profil urutan nukleotida dari gen-gen dalam DNA yang memengaruhi produktivitas ternak, salah satunya adalah gen LEP. LEP atau Leptin berasal dari bahasa Yunani Leptos yang berarti kurus dan digambarkan sebagai hormon pengurang berat badan. Leptin mendorong penurunan berat badan secara umum dengan menekan asupan makanan, mencegah metabolisme rendah, dan diekspresikan secara proporsional dengan lemak tubuh.

Namun, dalam kondisi gizi seimbang, sekresi leptin diatur waktunya dan diatur dalam kisaran tingkat yang sempit untuk mengoptimalkan efek trofiknya. Setiap spesies dapat mewarisi gen LEP. Varian gen LEP sangat teridentifikasi untuk meningkatkan produktivitas kambing, berdampak pada deposisi intramuskular dan berat badan, dan dapat digunakan sebagai pendekatan marker-assisted selection (MAS). Kambing Etawa Cross dan Senduro berasal dari induk yang sama yaitu Jamnapari. Akibat perkawinan dengan kambing lokal dan isolasi di daerahnya oleh para peternak, maka terbentuklah jenis kambing ini. Kedua ras tersebut memerlukan analisis genetik paralel, terutama gen LEP, untuk menentukan profil gen. Hal inilah yang melatar belakangi penelitian mengenai perbandingan profil gen LEP antara kambing Etawa persilangan dan Senduro. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi pedoman dalam melestarikan sumber daya genetik kambing lokal Indonesia.

Penelitian ini dilakukan atas kerja sama Prof. Dr. Budi Utomo, drh., M.Si. Suzanita Utama, drh., M.Phil., Ph.d., Prof. Dr. Tita Damayanti Lestari, drh., M.Sc., Dr. Tri Wahyu Suprayogi, drh., M.Si., Dr. Tjuk Imam Restiadi, drh., M.Si.,  (Divisi Reproduksi Veteriner Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga), Muhammad Fajar Amrullah, S.Pt., M.Si, dan drh. Ristaqul Husan Belgania, M.Si (Program Studi Magister Biologi Reproduksi, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga), Dr. Suhendra Pakpahan (Pusat Riset Zoologi Terapan, BRIN), Dr. Aswin Rafif Khairullah, drh, M.Si (Divisi Peternakan, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga), Shendy Canadya Kurniawan (Graduate Program of Animal Sciences, Department of Animal Sciences, Specialisation in Molecule, Cell and Organ Functioning, Wageningen University and Research. Netherlands), Otto Sahat Martua Silaen (Doctoral Program in Biomedical Science, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. Indonesia), Abdullah Hasib (School of Agriculture and Food Sustainability, University of Queensland. Australia). Penelitian ini dilakukan pada bulan Januari hingga April 2023, di Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Airlangga, Kota Surabaya, Jawa Timur, Indonesia.

Sampel penelitian berasal dari sampel darah kambing Peranakan Etawa dan kambing Senduro dari Desa Burno, Kecamatan Senduro, Kabupaten Lumajang, Jawa Timur, Indonesia. Kemudian dilakukan ekstraksi DNA, amplifikasi gen LEP menggunakan metode PCR, dan sequencing nukleotida.

Hasil penyelarasan sekuens gen LEP antara kambing Peranakan Etawa dengan kambing Senduro mempunyai panjang basa 860 bp yang dapat diselaraskan dengan gen target LEP Capra hircus No. Acc AM114397.2. Beberapa Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) diperoleh pada sekuen gen LEP kambing Persanakan Etawa dan kambing Senduro. SNP ini termasuk T723A, G729A, G758A, A763T, G774C, T1100C, dan G1454A. SNP yang terbentuk merupakan hasil mutasi transversi dan transisi. Berdasarkan rekonstruksi pohon filogeni gen LEP, kambing Etawa persilangan, dan kambing Senduro berada dalam satu clade dan mempunyai kekerabatan dekat dengan kambing Bligon.

Penulis berterima kasih kepada Badan Riset Inovasi Nasional, melalui program Bantuan Riset Talenta Riset dan Inovasi (BARISTA) yang telah mendanai studi ini.

Artikel ilmiah hasil penelitian ini sudah terbit pada BIODIVERSITAS, suatu junal bereputasi Scopus Q2 (https://www.scopus.com/sourceid/21100332431). Artikel dapat di akses melalui tautan https://smujo.id/biodiv/article/view/16465 .

Penulis: Prof. Dr. Tita Damayanti Lestari, drh., M.Sc (Corrisponding Author)

Disarikan dari Artikel:

Research article:

Amrullah, M. F., Utomo, B., Utama, S., Lestari, T. D., Suprayogi, T. W., Restiadi, T. I., Belgania, R.H., Pakpahan, S., Khairullah, A.R., Kurniawan, S.C., Silaen, O.S.M., & HASIB, A. (2023). Comparison of genetic diversity of LEP gene between Indonesia domestic goats: Etawa Cross and Senduro Goats. Biodiversitas Journal of Biological Diversity, 24(12). DOI: 10.13057/biodiv/d241218