Indonesia telah mendapatkan pengakuan atas keanekaragaman hayatinya yang luas, mencakup spektrum yang mencakup mikroorganisme bersel tunggal hingga organisme eukariotik kompleks. Sejumlah penelitian menunjukkan bahwa keberadaan keanekaragaman hayati yang tinggi dapat menjadi indikator kondisi kesehatan ekologi dan lingkungan yang baik. Selain itu, lingkungan yang kaya akan keanekaragaman hayati menyiratkan hidup berdampingan dengan beragam organisme, termasuk mikroorganisme yang berpotensi memberikan manfaat bagi manusia atau organisme budidaya lainnya. Khususnya, berbagai spesies bakteri memiliki kapasitas untuk menghasilkan beragam senyawa bermanfaat, seperti bakteri yang menghasilkan enzim pencernaan, agen antimikroba, atau imunostimulan. Senyawa ini berpotensi meningkatkan pertumbuhan dan ketahanan terhadap penyakit pada spesies perairan yang dibudidayakan seperti ikan dan udang. Oleh karena itu, eksplorasi menyeluruh terhadap keanekaragaman hayati mikroba dalam relung lingkungan atau habitat tertentu sangatlah penting. Didorong oleh pertimbangan ini, penelitian ini memulai eksplorasi mikrobiota dalam saluran pencernaan udang vaname.
Sebuah penelitian telah dilakukan untuk melakukan investigasi keanekaragaman dan struktur mikroba di saluran pencernaan udang vanname yang dipelihara di tambak dengan sistem intensif di Jawa Timur, Indonesia. Mengambil sampel dari tiga kolam pemeliharaan intensif yang berbeda, saluran pencernaan udang vaname dibedah dengan cermat untuk menganalisis komposisi bakteri menggunakan pengurutan hasil tinggi. Keanekaragaman mikroba dalam saluran pencernaan udang dari budidaya perikanan intensif komersial dievaluasi melalui pengurutan amplikon 16S rRNA, menargetkan wilayah V3-V4 bakteri.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa saluran pencernaan udang yang dipelihara pada sistem budidaya intensif didominasi oleh sembilan filum bakteri, yaitu Proteobacteria (53,95%), diikuti oleh Actinobacteria (26,78%), Bacteroidetes (3,95%), Firmicutes (2,41%), Tenericutes ( 1,98%), Klorofleksi (1,22%), Verrucomicrobia (1,03%), Cyanobacteria (0,71%) dan Planctomycetes (0,65%). Tingkat keanekaragaman mikroba yang tinggi ditunjukkan oleh indeks keanekaragaman yang mencerminkan kekayaan yang tinggi. Temuan ini berkontribusi pada pemahaman yang lebih mendalam tentang dinamika mikrobiota dalam sistem akuakultur dan menggarisbawahi pentingnya melestarikan keanekaragaman mikroba untuk produksi udang berkelanjutan. Pemeriksaan komprehensif terhadap mikrobioma dalam saluran pencernaan udang vaname dalam penelitian ini telah memberikan wawasan yang sangat berharga mengenai keanekaragaman, struktur, implikasi, dan arah penelitian di masa depan.
Penulis: Muhamad Amin (staf Pengajar Departemen Akuakultur FPK, Unair)
