Mutasi SARS-CoV-2 telah menghasilkan beberapa varian yang menjadi perhatian (VOC) yang menyebar dengan cepat ke seluruh dunia. Varian-varian yang muncul ini mempengaruhi strategi global untuk mengatasi COVID-19. Varian SARS-CoV-2 ditentukan oleh uji sekuensing genom keseluruhan (WGS), yang memakan waktu, dengan ketersediaan yang terbatas (hanya di beberapa laboratorium). Oleh karena itu, diperlukan pemeriksaan yang lebih cepat dan lebih mudah diakses. Metode polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) merupakan salah satu pilihan untuk pengawasan variasi genom yang dapat membantu memberikan jawaban atas tantangan ini. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui validitas metode SNP dengan PCR untuk mendeteksi varian omicron SARS-CoV-2 dibandingkan dengan gold standard, WGS. Metode.
Penelitian ini merupakan analisis diagnostik terhadap 140 sampel nasofaring terkonfirmasi COVID-19 yang diambil dari Laboratorium Rumah Sakit Darurat COVID-19 Kemayoran dan Laboratorium Kesehatan Provinsi Jawa Barat dari bulan April hingga Oktober 2022. Analisis data dilakukan untuk menentukan nilai kesesuaian dan validitas. Hasil. Analisis menggunakan uji koefisien kappa Cohen’s menunjukkan kesesuaian yang tinggi antara SNP dan WGS (nilai <0,001; koefisien kappa = 0,948). SNP menunjukkan nilai validitas yang tinggi pada omicron BA.1 (sensitivitas 90%; spesifisitas 100%), omicron BA.2 (sensitivitas 100%; spesifisitas 99%), dan omicron BA.4/5 (sensitivitas 99,2%; spesifisitas 100%). Kesimpulan. Metode SNP dapat menjadi alternatif yang lebih efisien waktu untuk mendeteksi varian omicron SARS-CoV-2 dan membedakan subgaris keturunannya (BA.1, BA.2, dan BA.4/5) dengan dua mutasi gen spesifik yang berbeda dalam analisis kombinasi (mutasi ΔH69 / V70 dan Q493R).
Oleh : Prof. Dr. Aryati, dr. MS, Sp.PK(K)
Artikel ini bisa di akses di : https://www.hindawi.com/journals/av/2023/6618710/