Indonesia sebagai sebuah kepulauan tersebar di daerah tropis yang disebut Kepulauan Indo-Melayu (IMA), dengan keanekaragaman hayati yang luar biasa dalam kehidupan laut. Wilayah ini telah diakui sebagai salah satu pusat keanekaragaman hayati laut dalam berbagai takson ikan, moluska, dan berbagai taksa lainnya. Indonesia terletak di antara Samudra Pasifik di Utara dan Samudra Hindia di Selatan. Sementara itu, Pulau Jawa yang terletak di bagian selatan Indonesia memiliki potensi keanekaragaman yang sangat dipengaruhi oleh Samudera Hindia dibandingkan dengan wilayah Samudera Pasifik. Namun, keberadaan Laut Jawa di tengah kepulauan Indonesia memungkinkan bercampurnya perairan Pasifik melalui celah Selat Makassar antara Pulau Kalimantan dan Sulawesi. Kehadiran Laut Cina Selatan juga memungkinkan sumber daya ikan masuk ke Laut Jawa melalui Kepulauan Riau dan masuk ke Laut Jawa. Potensi perikanan yang cukup besar ini menyebabkan perikanan tangkap di Laut Jawa sangat potensial, didominasi oleh ikan Carangid.
Famili Carangidae (ordo Carangiformes) termasuk ikan dengan ukuran tubuh bervariasi mulai dari 16 cm-250 cm, dengan bentuk tubuh tidak beraturan (memanjang, fusiform, dan pipih). Ikan dari famili ini banyak ditemukan pada komoditas perikanan seperti ikan layang, dongkrak, kuali, bawal, dan rainbow runner. Selain itu, Carangid telah menjadi bahan baku penting dalam industri pengolahan Asia Tenggara sebagai sumber makanan dan protein hewani. Meskipun eksploitasi intensif terus berlanjut, taksonomi dan penamaan ilmiah masih membingungkan karena kesamaan morfologi, ukuran, dan pola warna, yang menyebabkan ambiguitas dalam taksonomi famili ini. Selain itu, tahap juvenil hingga dewasa terkadang mengalami perubahan morfologi dan pigmentasi yang signifikan dalam siklus hidupnya. Implikasi dari kesalahan identifikasi adalah kesalahan pelabelan produk perikanan. Kasus kesalahan identifikasi berdasarkan morfologi juga terjadi pada juvenil Alectis ciliary filamen panjang tetapi akan memendek dan akhirnya menghilang saat tumbuh dewasa.
Metode barcode DNA ini menggunakan area DNA mitokondria yang cukup pendek namun terstandarisasi dengan akurasi identifikasi hingga tingkat spesies, yang cukup tinggi hingga mendekati 100% dan telah diterima secara luas hingga saat ini. Oleh karena itu, identifikasi berdasarkan morfologi perlu dilengkapi dengan metode identifikasi lain untuk memastikan akurasi identifikasi. Bentuk identifikasi yang saat ini sedang dikembangkan secara molekuler mengurangi kesalahan dalam identifikasi. Identifikasi ini disebut sebagai DNA barcode. Daerah itu adalah Cytokrom c oxisidase subunit I (COI). Wilayah gen ini telah banyak digunakan untuk identifikasi berbasis pendekatan molekuler dengan akurasi hingga tingkat spesies yang cukup tinggi hingga mendekati 100%. Kode batang DNA telah diterima secara global. Database akses terbuka terus dikembangkan sehubungan dengan munculnya kesalahan identifikasi melalui pendekatan molekuler. Penyederhanaan proses identifikasi melalui metode molekuler relatif mudah dan memungkinkan untuk menemukan taksa baru.
Penelitian ini melakukan pengujian pada ikan Carangidae dari wilayah utara dan selatan Jawa dan menganalisis keragaman genetik sekuens COI. Analisis ini penting untuk pengelolaan sumber daya ikan Carangidae yang berkelanjutan karena sebagian besar tidak dilaporkan dan tidak teridentifikasi dengan baik.
Tiga puluh tiga sampel identifikasi yang berhasil terdiri dari 2 sub-famili dalam Carangidae, Caranginae (31) dan Scomberoidenae (2). Dalam penelitian ini, Caranginae mendominasi tangkapan umum nelayan, antara lain Megalaspis cordyla (3), Atule mate (3), dan Decapterus macerelus (4). Sementara itu, ikan umum nelayan lokal yang ditangkap di Jawa dan Bali serta ikan komersial, yang menguntungkan konsumen dalam negeri. Pada umumnya jenis ikan yang dikoleksi pada kelompok Carangids memiliki harga yang murah dan menjadi bahan pangan sumber protein bagi masyarakat.
Analisis jarak genetik dilakukan menggunakan Mega7 dibandingkan dengan database GenBank. Beberapa sekuen memiliki keunikan, berpotensi sebagai haplotipe yang didirikan Indonesia. Dalam subfamili Scomberoidinae, Scomberoides tala mirip dengan Indo-Melayu (JX261091) sedangkan Scomberoides commersonnianus memiliki jarak genetik yang sangat dekat dengan sekuens Indo-Melayu (JX261017) adalah 0,0019. Semakin kecil jarak genetik, semakin dekat kemiripan dan dapat menunjukkan bahwa spesies tertentu mungkin memiliki asal-usul yang sama (Dwifajri et al, 2022; Tapilatu et al, 2021). Selain itu, dalam sub-famili Caranginae, kami juga menemukan berpotensi haplotipe Indonesia di Decapterus muruadsi (0.0079), Megalaspis cordyla (0.0019), Carangoides armatus (0.0019), Atropos Atropos (0.0019), Alepes vari (0.0019), Atule mate (0.0059), Selar boops (0.019), Selar crumenophthalmus (0.0039), Carangoides malabaricus (0.0019), Carangoides chrysophrys (0.0019), dan Selaroides leptolepis (0.0019).
Dalam pohon filogenetik yang dihasilkan, dua clade telah terbentuk: subfamili Cranginae dan Scomberoidinae. Secara morfologi, Scomberoidinae lebih dekat dengan Famili Scombridae dengan bentuk tubuh fusiform, tetapi tubuhnya gepeng dibandingkan dengan Scombridae yang mirip torpedo. Scomberoidinae secara etimologi memiliki arti yang mirip dengan tuny atau makarel. Dalam penelitian ini, Scomberoides tala dan Scomberoides commersonnianus berhasil diidentifikasi berturut-turut dari Banyuwangi dan Gresik.
Hampir semua spesies Carangidae dalam penelitian ini berstatus Least Concern (LC), dan status perdagangan internasional (CITES) tidak dievaluasi. Dari beberapa laporan, penangkapan ikan jenis Carangids dilakukan secara intensif, dan sebagian besar dari mereka mengubahnya menjadi ikan untuk produk olahan perikanan seperti surimi atau hanya sebagai bahan baku tepung ikan. Sebagai contoh, penelitian hasil tangkapan ikan di Selat Madura menemukan hasil tangkapan ikan Carangidae sebesar 8%, sedangkan penelitian lain menemukan jenis Carangidae sebesar 38,51% dari hasil tangkapan. Selain Jawa, jenis Carangidae yang ditangkap nelayan tradisional di Kalimantan juga mendominasi seluruhnya sekitar 16,67%.
Penulis: Dr. Eng. Sapto Andriyono
Tulisan lengkap dapat ditemukan melalui:
ANDRIYONO, S., ALAM, M. J., SULMARTIWI, L., MUBARAK, A. S., PRAMONO, H., SUCIYONO, S., … & SEKTIANA, S. P. (2022). The diversity of Carangidae (Carangiformes) was revealed by DNA barcoding collected from the traditional fish markets in Java and Bali, Indonesia. Biodiversitas Journal of Biological Diversity, 23(6).
