Pterobdella arugamensis (Silva, 1963) merupakan lintah laut yang dapat ditemukan di Indo-Pasifik Barat wilayah dan telah menunjukkan efek yang tidak diinginkan dalam industri akuakultur. Di kawasan Asia Pasifik, penyakit ini telah menyebar luas terutama pada ikan kerapu hibrida yang dibudidayakan. Meskipun jangkauan distribusinya diketahui, penyebaran dan mekanisme transportasi P. arugamensis masih kurang diketahui. Oleh karena itu, menganalisis urutan DNA P. arugamensis mungkin dapat memberikan sedikit pencerahan mengenai lintah yang penuh teka-teki ini, sehingga dapat membantu dalam mitigasi serangan yang berhubungan dengan lintah. permasalahan yang dihadapi oleh industri akuakultur.
Penelitian ini menganalisis gen sitokrom b mitokondria (CYTB). urutan P. arugamensis dari Brunei, Cina dan Indonesia. Hasilnya memberikan konfirmasi lebih lanjut bahwa P. arugamensis dari lokasi-lokasi ini menunjukkan variasi dalam keseluruhan populasi namun terdapat perbedaan yang signifikan distribusinya di seluruh wilayah tidak diamati, hal ini mungkin disebabkan oleh pengenalannya melalui budidaya perikanan industri atau karena migrasi alami. Metode penelitian yang digunakan yaitu DNA genom sebelumnya diekstraksi (Azmey dkk. 2022), dan dalam penelitian ini, sebagian gen CYTB adalah diamplifikasi dengan reaksi berantai polimerase (PCR) menggunakan primer yang dirancang khusus menggunakan urutan gen CYTB P.
Sebanyak 22 sampel, masing-masing terdiri dari CYTB panjang urutan 527 bp, berhasil diamplifikasi, diurutkan dan dianalisis. Meskipun ukuran sampelnya adalah kecil, keragaman nukleotida (Ï€) untuk sampel dari Brunei Darussalam, Lombok dan Surabaya masing-masing 0,005, 0,012 dan 0,012, masing-masing. Nilai jarak genetik rata-rata dalam kelompok untuk Brunei Darussalam, Lombok dan Surabaya masing-masing adalah 0,5, 1,2 dan 1,1%. Antar kelompok nilai jarak genetik rata-rata lebih rendah: 0,09% (Brunei Darussalam vs Surabaya) dan 0,10% (Brunei Darussalam vs Lombok; Surabaya vs Lombok). Jika dibandingkan dengan sampel tunggal dari Tiongkok, mean antar kelompok nilai jarak genetik bahkan lebih rendah lagi, berkisar antara 0,3 menjadi 0,8%. Hal ini menunjukkan bahwa sampel dari semua lokasi adalah serupa secara genetis. Selanjutnya, untuk tiga lokasi yang diteliti, AMOVA menunjukkan bahwa variasi dalam kelompok adalah 88,75%, sedangkan variasi antar kelompok hanya 11,25% dengan indeks fiksasi (FST) sebesar 0,11 (p > 0,05; tidak signifikan). Ini menunjukkan bahwa sampel lintah dari Brunei Darussalam, Lombok dan Surabaya tidak berbeda nyata.
Pohon filogenik maksimum representatif menunjukkan sembilan haplotipe P. arugamensis berdasarkan urutan gen CYTB. Ozobranchus jantseanus dan Erpobdella japonica dari database GenBank digunakan sebagai outgroup. Persentase bootstrap (1000 ulangan) untuk kemungkinan maksimum/kekikiran maksimum/pohon yang bergabung dengan tetangga ditampilkan.
Jaringan haplotipe gen CYTB P. arugamensis urutan. Warna yang berbeda mewakili lokasi yang berbeda. Besar kecilnya lingkaran sebanding dengan jumlah sampel. Setiap garis pada garis melambangkan satu peristiwa mutasi. Lingkaran putih kecil menunjukkan vektor median.
Penulis: Prof. Dr. Gunanti Mahasri, Ir., M.Si
Baca juga: Analisis Genom Mitokondria pada Clarias camerunensis yang Endemik di Kamerun
