Escherichia coli adalah bakteri komensal yang ditemukan di saluran pencernaan unggas, termasuk burung puyuh (Coturnix coturnix japonica), spesies yang semakin banyak dibudidayakan dan dikonsumsi di Indonesia, khususnya di Surabaya. Meskipun sebagian besar strain E. coli bersifat non-patogenik, mereka dapat memperoleh faktor virulensi dan gen resistensi antimikroba (AMR), sehingga menjadikannya indikator yang berguna untuk memantau dinamika resistensi pada ternak.
Resistensi terhadap antibiotik β-laktam telah menjadi perhatian global karena penggunaannya yang luas pada unggas untuk terapi, profilaksis, dan peningkatan produksi. Penggunaan ini dapat menyeleksi galur yang menghasilkan β-laktamase spektrum luas (ESBL) yang menghidrolisis β-laktam tingkat lanjut, sehingga membatasi pilihan pengobatan.
Di antara ESBL, cefotaxime cefotaximase (CTX-M) adalah yang paling umum ditemukan pada unggas di Jawa Timur, termasuk Surabaya, karena secara efisien mendegradasi cefotaxime dan menyebarkannya antar populasi bakteri melalui plasmid. Kehadirannya pada burung puyuh menyoroti potensi perannya sebagai reservoir E. coli resisten, dengan implikasi bagi kesehatan hewan, lingkungan, dan manusia, sejalan dengan kerangka kerja One Health.
Dalam beberapa tahun terakhir, produksi dan konsumsi burung puyuh di Indonesia, khususnya di Surabaya, telah meningkat, dengan pasar tradisional sebagai titik distribusi utama. Pasar-pasar ini seringkali memiliki praktik kebersihan yang bervariasi dan menangani berbagai spesies hewan, yang dapat memfasilitasi akumulasi dan penularan bakteri resisten. Usap kloaka dianggap sebagai sampel representatif untuk mendeteksi E. coli penghasil ESBL karena mengandung mikrobiota usus dan ekskresi limbah.
Namun, data tentang E. coli pembawa CTX-M pada burung puyuh dari pasar Surabaya masih terbatas, sehingga menciptakan kesenjangan penelitian yang jelas di Jawa Timur mengenai prevalensi dan distribusi E. coli penghasil ESBL pada unggas. Sebagian besar penelitian sebelumnya di Indonesia berfokus pada ayam dan ayam broiler, dengan sedikit yang meneliti burung puyuh atau pasar tradisional, sehingga membatasi pengawasan dan strategi mitigasi AMR yang komprehensif.
Deteksi molekuler menggunakan reaksi berantai polimerase (PCR) memungkinkan identifikasi gen ESBL secara akurat, memberikan wawasan tentang distribusi AMR dalam sumber makanan unggas dan mendukung intervensi berbasis bukti.
Dalam penelitian ini, kami bertujuan untuk mendeteksi gen CTX-M pada E. coli dari usap kloaka burung puyuh yang dikumpulkan dari pasar tradisional di Surabaya. Penelitian ini menggunakan antibiotik berikut ini diuji: aztreonam (ATM, 30 μg), siprofloksasin (CIP, 5 μg), tetrasiklin (TE, 30 μg), kanamisin (K, 30 μg), dan kloramfenikol (C, 30 μg). diharapkan dapat memberikan data lokal untuk memperkuat basis data antimicrobial resistance (AMR), menginformasikan strategi One Health, dan membimbing para pembuat kebijakan, otoritas veteriner, dan produsen dalam meningkatkan manajemen kesehatan unggas dan keamanan pangan. Profil resistensi antibiotik memberikan wawasan penting tentang pola seleksi antimikroba pada populasi E. coli komensal di Surabaya, Indonesia.
Adanya variasi pola resistensi isolat Escherichia coli dari berbagai pasar lebih lanjut menyoroti perbedaan praktik manajemen dan paparan antibiotik di sumber pasokan burung puyuh. Meskipun demikian, perbedaan ini harus diinterpretasikan dengan hati-hati tanpa data langsung tentang pemberian antibiotik, praktik biosekuriti, dan manajemen peternakan dari setiap pemasok. Temuan ini memperkuat gagasan bahwa praktik di sepanjang rantai pasokan—dari peternakan ke pasar—dapat secara signifikan memengaruhi dinamika AMR.
Kehadiran empat isolat multidrug resistance (MDR) (4,08%) menunjukkan bahwa burung puyuh dapat bertindak sebagai reservoir bakteri resisten dengan potensi untuk menyebar ke lingkungan, mencemari makanan, dan memengaruhi manusia. Adanya isolate yang resisten terhadap semua antibiotik yang diuji, menunjukkan bahwa plasmid dengan potensi transfer horizontal yang tinggi. Resistensi terhadap ATM dan CIP adalah kombinasi MDR yang paling umum, mencerminkan paparan selektif terhadap antibiotik ini di lingkungan peternakan.
Deteksi gen CTX-M pada delapan isolat resisten ATM sangat penting untuk memahami potensi transfer resistensi yang dimediasi plasmid. Gen CTX-M memfasilitasi pembentukan ESBL, dan keberadaannya pada bakteri unggas komensal meningkatkan risiko transfer gen horizontal ke bakteri patogen atau bakteri yang berhubungan dengan manusia melalui kontak, lingkungan yang terkontaminasi, atau konsumsi makanan. Kelompok CTX-M-1, CTX-M-2, dan CTX-M-9 umumnya dilaporkan pada isolat unggas di Asia Tenggara, dengan
CTX-M-15 sering diidentifikasi di Indonesia dan negara-negara tetangga. Tingkat positif yang diamati dalam penelitian ini (8/20 isolat resisten ATM) sebanding dengan laporan dari wilayah lain di Indonesia dan beberapa negara Asia Tenggara, di mana prevalensi CTX-M pada E. coli yang terkait dengan unggas berkisar dari tingkat rendah hingga sedang tergantung pada sumber pengambilan sampel dan metode deteksi. Namun, penelitian ini tidak mencakup analisis sekuensing; oleh karena itu, varian CTX-M spesifik tidak dapat ditentukan.
Selain itu, penelitian ini dilakukan di satu kota (Surabaya); oleh karena itu, temuan tersebut mungkin tidak mewakili kondisi di wilayah lain. Keterbatasan lainnya meliputi ukuran sampel yang relatif terbatas, fokus hanya pada pasar tradisional (tidak termasuk peternakan dan rumah potong hewan), dan tidak adanya metode penentuan tipe molekuler, seperti pengurutan atau karakterisasi plasmid, untuk mengeksplorasi keterkaitan genetik dan dinamika penularan. Variasi dalam kebersihan pasar, penggunaan antibiotik tanpa pengawasan dokter hewan, dan pengelolaan limbah yang suboptimal dapat memperburuk
penyebaran AMR di daerah perkotaan padat penduduk.
Studi ini menegaskan bahwa rantai pasokan dan distribusi unggas kecil, termasuk burung puyuh, berkontribusi pada dinamika AMR dan dapat berfungsi sebagai jalur penyebaran E. coli penghasil ESBL. Pengendalian AMR yang efektif memerlukan strategi terpadu, termasuk pemantauan rutin hewan ternak, regulasi antibiotik yang lebih ketat, peningkatan kebersihan pasar, dan pendidikan petani/pedagang. Mengintegrasikan data resistensi ternak ke dalam sistem pengawasan nasional akan memperkuat upaya mitigasi dan mendukung respons Indonesia terhadap ancaman AMR.
Studi ini menunjukkan tingkat kontaminasi E. coli yang tinggi pada burung puyuh yang diperdagangkan di pasar tradisional di Surabaya, dengan prevalensi 98%. Analisis resistensi antibiotik mengungkapkan pola resistensi yang mengkhawatirkan, khususnya terhadap CIP, TE, dan ATM, dan isolat MDR juga teridentifikasi. Gen CTX-M terdeteksi pada delapan isolat E. coli yang resisten terhadap ATM, yang menegaskan potensi penyebaran ESBL melalui populasi unggas kecil. Temuan ini menyoroti peran penting burung puyuh sebagai reservoir AMR dan menekankan perlunya upaya berkelanjutan pengawasan, penggunaan antibiotik yang lebih bijaksana, dan penerapan prinsip One Health untuk mengendalikan penyebaran AMR di sektor pangan dan lingkungan.
Penulis korespondensi: Dr. Wiwiek Tyasningsih, drh., Mkes.
Informasi detail dari riset ini dapat dilihat pada tulisan kami di:
Wiwiek Tyasningsih*, Maria Oliva Keytimu, Aswin Rafif Khairullah, Freshinta Jellia Wibisono, Ummi Rahayu, Mustofa Helmi Effendi, John Yew Huat Tang, Mariana Febrilianti Resilinda Putri, Irfan Alias Kendek, Riza Zainuddin Ahmad, Bima Putra Pratama, Saifur Rehman, Wasito Wasito, Dea Anita Ariani Kurniasih and Ilma Fauziah Ma’ruf. Molecular detection of CTX-M ESBL–encoding genes in Escherichia coli isolated from quail cloacal swabs in Surabaya markets. Open Veterinary Journal, (2026), Vol. 16(5): 2849-2859
