Ganggang laut memiliki kandungan senyawa bioaktif alami dan protein dengan aplikasi potensial dalam industri farmasi. Chlorella vulgaris adalah jenis mikroalga yang mengandung metabolit kimia aktif, termasuk Pigment-Protein Fraction (PPF). Pigmen protein merupakan unsur hara dalam mikroalga dan umumnya menghasilkan pigmen yang dapat menyerap energi sinar matahari dalam fotosintesis (Nurachman et al.,2015) dan memiliki potensi untuk dikembangkan dan digunakan sebagai agen anti-virus dan anti-inflamasi pada ikan (Yanuhar et al., 2019). Teknik in silico dapat memprediksi mode peningkatan dominan ligan dengan protein 3 dimensi (Salmaso dan Moro, 2018). Teknik in silico dapat memprediksi interaksi molekuler antara protein, sifat protein, prediksi proses biologis, prediksi fungsi molekuler, dan prediksi komponen seluler (Jomaa et al., 2020).
Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi PPF C. vulgaris melalui kloning dan analisis in silico sehingga dapat mengembangkan obat anti-virus baru berdasarkan PPF yang dapat digunakan untuk mengobati infeksi virus pada ikan dan organisme akuatik lainnya. Penelitian ini memanfaatkan C. vulgaris dikultur dari daerah endemis Jawa Timur, Indonesia dan dikultur di laboratorium serta diukur pertumbuhannya selama masa kultur. Morfologi mikroalga yang dikultur diamati menggunakan mikroskop elektron pemindaian (SEM). PPF dikarakterisasi menggunakan metode SDS-PAGE, dan cDNA-nya diisolasi dan dianalisis melalui RT-PCR. Selanjutnya, gen tersebut dikloning, diubah menggunakan E. DH5α, dan diurutkan. Struktur dan fungsi PPF kemudian dijelaskan melalui prosedur in-silico.
Penelitian mengungkapkan bahwa kultur C. vulgaris memiliki kepadatan sel yang tinggi, dengan kepadatan 772 x 104 sel / mL setelah dikultur selama 7-8 hari. Morfologi mikroalga teramati memiliki permukaan halus dengan diameter berkisar antara 1,5 μm sampai 2,67 μm. PPF memiliki berat molekul 14 dan 35 kDa dan cDNA-nya divisualisasikan menggunakan RT-PCR, yang mengungkapkan protein dengan panjang pasangan alkali 313 bp. Analisis in silico mengidentifikasi dua senyawa dalam PPF dari C. vulgaris, yaitu, suksinat CoA ligase dan Amonia membentuk sitokrom c nitrit reduktase. Senyawa ini ditemukan memiliki fungsi seperti aktivitas protein kinase, aktivitas katalitik, dan regulasi ekspresi gen.
Penulis: Uun Yanuhar
Informasi lebih detail dari penelitian ini dapat ditemukan pada link berikut ini: https://doi.org/10.5109/7172229.
Baca juga: Eksplorasi Sifat Fungsional dan Nilai Gizi Jamur Tiram Berwarna
