Polimorfisme adalah perbedaan individu pada level DNA, baik urutan basa DNA maupun panjang DNA yang terjadi karena adanya mutasi ataupun rekombinan yang tidak seimbang, sehingga memungkinkan terjadi perubahan fenotip ataupun menjadi suatu predisposisi kerentanan terhadap penyakit tertentu. Sapi Madura (Bos indicus) adalah sapi potong lokal yang dipelihara dalam isolasi alami di bawah pengaruh lingkungan Pulau Madura, Indonesia. Sapi Madura mempunyai keseragaman ciri dibandingkan dengan sapi Indonesia lainnya. Selama berabad-abad, seleksi alam dan lingkungan yang ketat mengakibatkan kemampuan adaptasi ras ini terhadap lingkungan sangat tinggi. Para peternak memelihara sapi Madura sebagai bentuk tabungan, sebagai tambahan penghasilan, sebagai penghasil kotoran, sebagai status sosial, dan sebagai nilai budaya. Selama beberapa dekade terakhir, peternak sapi Madura lebih memilih mengawinkan sapi kecil mereka dengan menerapkan strategi inseminasi buatan menggunakan semen beku yang berasal dari varietas daging sapi Eropa seperti Simmental dan Limousin. Para peternak di Pulau Madura, tempat asal sapi Madura, lebih memilih semen sapi Limousin beku dibandingkan semen sapi Madura beku, dengan tren permintaan yang terus meningkat setiap tahunnya. Sapi limousin merupakan salah satu ras yang terkenal di Indonesia yang digunakan untuk produksi semen beku oleh Balai Inseminasi Buatan.
Kawin silang sapi betina local Indonesia dengan penjantan sapi unggul hasil impor sangat penting untuk mengintensifkan produksi ternak. Persilangan sapi lokal dengan sapi impor telah menjadi strategi peternakan yang dominan di Indonesia dan diharapkan dapat memberikan manfaat bagi peternak dan meningkatkan produksi nasional. Sapi persilangan memiliki produksi daging dan harga pasar yang lebih tinggi dibandingkan sapi asli. Sapi persilangan lebih efisien dibandingkan sapi ras karena bobot lahir dan kematangannya, pematangannya lebih awal, dan bobot badannya lebih berat saat penyapihan. Sapi persilangan limousin menunjukkan pertambahan bobot badan yang lebih baik dibandingkan sapi Madura. Rata-rata sapi persilangan Madura-Limousin dewasa memiliki bobot 406,61 kg, dibandingkan dengan sapi jantan ras Limousin berbobot 688,72 kg dan sapi jantan Madura berbobot 220,80–333,92 kg. Sapi persilangan Madura-Limousin mempunyai tingkat infertilitas yang tinggi; karena air mani seekor jantan digunakan untuk berkembang biak dengan beberapa ribu betina, hal ini dapat menimbulkan dampak yang berarti. Dalam produksi sapi potong, kesuburan dianggap sebagai ciri yang sangat penting dari sudut pandang ekonomi. Namun, infertilitas telah diidentifikasi di daerah tropis sebagai masalah umum, khususnya pada sapi persilangan ras Taurin dan Indicine, seperti kasus sapi jantan Bos taurus x Bos indicus. Infertilitas ini dapat ditelusuri secara genetik karena perkawinan silang memperkenalkan genetika unggul pada sapi lokal. Teknik genomik baru telah diciptakan untuk menentukan haplotipe penanda guna mengidentifikasi kesuburan.
DNA mitokondria (mtDNA), dan lebih khusus lagi, sitokrom b (Cytb) dan sitokrom oksidase I (COI), adalah metode untuk mengidentifikasi spesies dalam banyak kasus. Gen Cytb merupakan salah satu penanda potensial untuk identifikasi spesies, studi taksonomi dan filogenetik. Karena mtDNA memiliki jumlah salinan yang lebih tinggi daripada DNA inti, lokusnya ideal untuk analisis DNA. Belum ada laporan yang menganalisis mtDNA Cytb dari persilangan Madura-Limousin atau sapi ras Madura dan Limousin. Hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan untuk membentuk strategi pemanfaatan sapi jantan F1, F2, dan F3 Madura-Limousin, baik sebagai sapi potong maupun sapi indukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keselarasan nukleotida, posisi dan jenis mutasi basa nukleotida, kesejajaran protein, nilai jarak genetik, dan pohon filogenetik berdasarkan gen Cytb mtDNA pada F1, F2, dan F3 sapi peranakan Madura-Limousin (Madrasin). dibandingkan sapi ras Madura dan Limousin.
Penelitian dilakukan kolaborasi antara Dr. Rimayanti, drh., M.Kes., Prof. Dr. Budi Utomo, drh., M.Si., Prof. Dr. Imam Mustofa, Indah Norma Triana, drh., M.Si., dari Divisi Reproduksi Vetriner, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Airlangga, drh., M.kes. Drh. Dilasdita Kartika Pradana, M.Sc, peneliti sebior pada Balai Penelitian Veteriner, Denpasar, Bali, dan Adeyinka Oye Akintunde, Ph. D, pakar reproduksi hewan dari Babcock University, Department of Agriculture and Industrial Technology, Nigeria. Ekstraksi DNA dilakukan di laboratorium Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Airlangga. Pekerjaan laboratorium lebih lanjut dilakukan di Balai Besar Pemeriksaan Penyakit Hewan, Denpasar, Bali, Indonesia.
Penelitian ini menggunakan tiga ekor sapi jantan F1, F2, dan F3 hasil persilangan Madura-Limousin (nama lokal: Madrasin), masing-masing dua ekor sapi ras Madura dan sapi Limousin. Sapi jantan penelitian dipelihara di Kabupaten Bangkalan, Jawa Timur, Indonesia. Sapi Madrasin merupakan keturunan sapi Madura yang diinseminasi dengan semen banteng Limousin yang dibekukan dan dicairkan. Seluruh pejantan tersebut berusia 3–5 tahun dan diberi rumput gajah setara dengan 10% berat badannya, serta 9 kg konsentrat yang mengandung 16%-17% protein kasar, dan memiliki akses terhadap air minum tanpa batasan apa pun.
Urutan nukleotida dan protein Cytb mtDNA pada sapi jantan Madrasin mengalami perubahan sehingga ditempatkan pada clade yang berbeda dengan sapi ras Madura dan Limousin. Penelitian ini mengungkap adanya mutasi pada sapi persilangan Madrasin yang mungkin menjadi penyebab subfertilitasnya. Oleh karena itu, sapi persilangan Madrasin dianggap lebih cocok untuk produksi daging dibandingkan untuk diperanakkan. Program pemuliaan sapi Madura dengan menggunakan inseminasi buatan dengan semen beku sapi unggul perlu dilakukan untuk mendapatkan sapi Madura yang lebih besar sehingga mengurangi risiko distokia sekaligus melestarikan sapi Madura.
Archives of Veterinary Sciences (Scopus Q4: https://www.scopus.com/sourceid/8600153122)
Link jurnal: https://revistas.ufpr.br/veterinary
p-ISSN: 1517-784X
e-ISSN: 2317-6822
Link artikel: https://revistas.ufpr.br/veterinary/article/view/91501/50838
Rimayanti Rimayanti , Budi Utomo, Dilasdita Kartika Pradana, Indah Norma Triana, Adeyinka Oye Akintunde, Imam Mustofa. 2023. Polymorphism in the Mitochondrial Cytochrome B of Crossbred Madura-Limousine Cattle. https://doi.org/10.5380/avs.v28i4.91501
