Demam babi Afrika (ASF) adalah penyakit virus yang sangat menular dan seringkali mematikan yang menyerang babi domestik dan babi liar. Penyakit ini disebabkan oleh virus demam babi Afrika (ASFV), virus DNA untai ganda berselubung besar yang termasuk dalam famili Asfarviridae. ASFV mengandung lebih dari 150 kerangka baca terbuka yang mengkode protein yang penting untuk replikasi virus, menghindari sistem kekebalan tubuh inang, dan beradaptasi dengan berbagai kondisi lingkungan. Virus ini sangat stabil di lingkungan, tetap menular untuk jangka waktu yang lama pada produk daging babi, bangkai, dan benda-benda yang terkontaminasi, yang mendorong penyebaran jarak jauh dan lintas batas. Meskipun ASF bukan zoonosis, gejala klinisnya yang parah, termasuk angka kematian yang tinggi, lesi hemoragik, dan kerugian ternak yang signifikan, menyebabkan kerusakan ekonomi yang besar bagi industri babi global. Akibatnya, Organisasi Kesehatan Hewan Dunia (WOAH) mengklasifikasikan ASF sebagai penyakit hewan lintas batas yang wajib dilaporkan.
Sejak wabah pertama demam babi Afrika yang dikonfirmasi di Sumatera Utara pada akhir tahun 2019, ASFV telah menyebar ke beberapa provinsi di Indonesia, termasuk Deli Serdang, Tana Karo, Bali, Nusa Tenggara Timur, dan sebagian Jawa. Penyakit ini telah menyebabkan kematian babi secara luas, mengganggu peternakan babi skala kecil dan komersial, dan mengakibatkan kerugian sosial-ekonomi yang signifikan. Meskipun beberapa studi molekuler telah mengkonfirmasi keberadaan ASFV genotipe II di Indonesia, sebagian besar data yang tersedia berasal dari investigasi wabah awal atau studi yang terbatas secara geografis, sehingga meninggalkan kesenjangan penting dalam memahami sirkulasi dan persistensi virus jangka panjang dalam kondisi endemik.
Lebih dari seabad setelah ASF pertama kali diidentifikasi di Afrika Timur, belum ada vaksin komersial atau pengobatan antivirus yang berhasil dibuat. Meskipun babi yang sembuh dapat mengembangkan kekebalan homolog yang kuat, struktur genom ASFV yang kompleks, variabilitas genetiknya yang tinggi, dan kemampuannya untuk rekombinasi menimbulkan tantangan besar untuk mengembangkan vaksin spektrum luas dan alat diagnostik yang andal. Oleh karena itu, karakterisasi molekuler menjadi penting untuk memahami epidemiologi ASFV. Gen B646L, yang mengkode protein kapsid utama p72, adalah penanda genomik yang paling umum digunakan untuk genotipe ASFV karena strukturnya yang terkonservasi dan sistem klasifikasi yang telah ditetapkan yang mendefinisikan 24 genotipe. Di seluruh dunia, genotipe II saat ini merupakan garis keturunan dominan yang bertanggung jawab atas wabah baru-baru ini di seluruh Eropa dan Asia.
Indonesia melaporkan wabah ASF pertama yang dikonfirmasi di Sumatera Utara pada akhir tahun 2019, dengan penyebaran selanjutnya yang didokumentasikan di daerah-daerah seperti Deli Serdang, Tana Karo, dan Nusa Tenggara Timur. Investigasi molekuler yang dilakukan oleh lembaga penelitian nasional telah menunjukkan bahwa isolat ASFV Indonesia berkelompok dalam genotipe II dan secara genetik sangat mirip dengan strain referensi dari Georgia (2007), Cina (2019), dan Vietnam (2019). Namun, identifikasi molekuler dan analisis filogenetik yang lebih luas masih diperlukan untuk lebih memahami keragaman virus, melacak jalur masuknya virus, dan mendukung strategi pengendalian penyakit nasional.
Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi ASFV yang beredar di Indonesia dari tahun 2021 hingga 2025 dan untuk mengkarakterisasi hubungan filogenetiknya menggunakan sekuensing parsial gen B646L (p72). Penelitian ini direncanakan sebagai proyek pengawasan molekuler multi-tahun, menggunakan sampel yang dikumpulkan dari rumah potong hewan dan daerah penghasil babi di beberapa provinsi untuk memberikan informasi terbaru tentang distribusi virus dalam kondisi lapangan. Tujuan spesifiknya adalah untuk mengidentifikasi keberadaan ASFV dalam sampel darah dan serum melalui PCR, untuk mendapatkan sekuens nukleotida gen B646L dari sampel positif, dan untuk membandingkan sekuens ini dengan strain referensi global yang mewakili genotipe ASFV I–XXIV. Melalui analisis filogenetik, penelitian ini bertujuan untuk menentukan apakah virus yang beredar di Indonesia tetap berada dalam garis keturunan genotipe II Eurasia dan untuk mengevaluasi stabilitas genetik virus beberapa tahun setelah introduksinya. Temuan ini diharapkan dapat berkontribusi pada peningkatan pengawasan molekuler, mendukung upaya deteksi dini, dan memberikan bukti ilmiah untuk memperkuat strategi pencegahan dan pengendalian ASF nasional.
Pola deteksi molekuler yang diamati dalam penelitian ini selaras dengan sejarah epidemiologi wabah ASF di Indonesia sejak konfirmasi pertama pada tahun 2019. Deteksi sporadis namun persisten di rumah potong hewan dan daerah penghasil babi menunjukkan kemungkinan kurangnya pelaporan kasus, adanya infeksi subklinis, dan pergerakan babi yang terinfeksi tetapi secara klinis normal dalam sistem perdagangan lokal. Pola serupa telah dilaporkan di negara-negara Asia Tenggara lainnya, di mana ASFV terus beredar secara endemik beberapa tahun setelah introduksi awalnya karena strategi depopulasi yang tidak lengkap, biosekuriti yang tidak memadai, dan tantangan dalam mengendalikan pergerakan babi antar pulau dan antar provinsi.
Hasil penelitian ini selaras dengan penelitian molekuler sebelumnya dari Indonesia dan negara-negara Asia Tenggara terdekat, yang secara konsisten mengidentifikasi genotipe II sebagai garis keturunan utama yang beredar. Namun, sebagian besar penelitian sebelumnya
di Indonesia berfokus pada investigasi wabah atau mencakup wilayah geografis yang terbatas, sedangkan penelitian ini menunjukkan sirkulasi genotipe II yang berkelanjutan di beberapa provinsi selama beberapa tahun di bawah kondisi pengawasan rutin.
Stabilitas filogenetik genotipe II berdasarkan gen B646L Analisis filogenetik gen p72 parsial mengungkapkan bahwa semua sekuens ASFV Indonesia yang diperoleh dalam penelitian ini dikelompokkan dalam genotipe II, konsisten dengan penelitian sebelumnya yang dilakukan oleh lembaga nasional. Dukungan bootstrap yang kuat dan kemiripan genetik yang dekat dengan strain referensi dari Georgia (2007), Cina (2019), Vietnam (2019), dan Filipina (2022) lebih lanjut menegaskan bahwa wabah di Indonesia merupakan bagian dari epidemi genotipe II Eurasia yang lebih luas yang telah mendominasi penyebaran ASFV global selama dekade terakhir. Tidak ditemukan perbedaan genetik, percabangan yang berbeda, atau sub-garis keturunan baru di antara isolat Indonesia, yang menunjukkan bahwa genotipe II yang beredar di Indonesia tetap lestari secara genetik.
Salah satu kekuatan utama studi ini adalah desain pengambilan sampel multi-tahun dan multi-wilayah, yang menawarkan informasi terkini tentang sirkulasi ASFV dalam kondisi pengawasan rutin, bukan hanya selama investigasi wabah. Namun, studi ini memiliki beberapa keterbatasan. Genotipe bergantung pada sekuensing parsial gen B646L (p72), yang berguna untuk klasifikasi garis keturunan tetapi memiliki resolusi terbatas untuk mengidentifikasi jalur penularan terperinci atau perubahan evolusi baru-baru ini. Selain itu, pengambilan sampel bersifat oportunistik dan bergantung pada aktivitas pengawasan, yang dapat meremehkan prevalensi infeksi yang sebenarnya. Penelitian di masa mendatang harus mencakup ukuran sampel yang lebih besar, cakupan geografis yang lebih luas, dan penanda genomik tambahan, seperti wilayah variabel pusat, wilayah intergenik, atau sekuensing seluruh genom, untuk memungkinkan pelacakan evolusi virus dan jalur penularan yang lebih akurat. Menggabungkan data molekuler dengan data epidemiologi dan pergerakan akan semakin meningkatkan upaya pengawasan ASF nasional.
Kesimpulannya, hasil menunjukkan bahwa genotipe ASFV II tetap stabil secara genetik dan terus beredar secara endemik di Indonesia beberapa tahun setelah kemunculannya. Pemantauan molekuler yang berkelanjutan, peningkatan biosekuriti, dan strategi pengendalian pergerakan yang lebih baik sangat penting untuk mendukung deteksi dini, mencegah penyebaran lebih lanjut, dan meningkatkan upaya pengendalian ASF jangka panjang.
Penulis korespondensi: Dr. Wiwiek Tyasningsih, drh., Mkes.
Saepulloh M, Dharmayanti NLPI, Khairullah AR, Nuradji H, Tyasningsih W, Ratnawati A, et al. Molecular identification and phylogenetic profiling of African swine fever virus in Indonesia during 2021–2025 based on the B646L (p72) gene. Vet. World, 2026;19(4):1437-1446.
